原種由母種繁殖而成，主要用于制作栽培種，也可在栽培時使用。
　　不同種類食用菌的原種培養基質不同。培養基質應盡量選用與培養料接近的物質。木生菌用木屑料，草糞類用草糞料為好。現在很多地方為了省工易操作，菌種生長快等原因多用麥粒料。制作原種的培養料含水量應比栽培料稍低，保證瓶內有足夠空氣供菌絲生長。原種多用500毫升或750毫升白色玻璃瓶裝料，裝瓶時注意上緊下松，裝瓶后用一木錐棒在料內插一通氣孔道，插到瓶底為好。一般裝料1/2—3/5為好。最后用干凈布把瓶口抹干凈，用棉塞、牛皮紙包扎好，寫上標簽后立即進行滅菌，夏天不超過2小時，冬天不超過4小時。一般用1.5公斤壓力60分鐘連續滅菌，停止加溫后留在鍋內悶4小時為好。    
　　原種的接種方法：在接種箱或接種室內，母種在酒精燈旁切成約1立方厘米大小的菌絲塊，原種培養基在酒精燈旁用75%酒精抹瓶的外壁，用拿接種鏟的手拔去棉塞并向外夾在指間，然后另一手拿起母種管，并用拿鏟的手拔出棉塞夾在另一指間，迅速準確地用接種鏟把母種菌絲塊送入原種瓶內的培養基面上，不要放入瓶底，把試管口、原種瓶口燒過，塞上棉塞。然后包扎好，寫上標簽，立即進行適溫培養，一般一支母種可接4—6瓶原種。
　　原種培養時把瓶直放，使菌種定植。當菌絲長滿面層，并開始深入料內，可斜疊堆放。每天檢查一次，發現死種或雜菌污染的瓶應即時取出處理。當菌絲生長到半瓶時，培養溫度可降低攝氏2—3度。讓菌絲生長更健壯。但草菇菌種不宜降溫。直至菌絲長到底部、并均勻長滿整瓶，菌種即為成熟。一般成熟后7—8天內使用較好。成熟的原種放在干爽、有漫射光、通風的場所。麥粒種不超過3個月，草糞種不超過20天為好。死種瓶在一周內補接種仍可使用。