菌種退化會導致菌絲體生長緩慢，對環境、雜菌等的抵抗力變弱，子實體形成期提前或推后，出菇潮次不明顯等現象。引起菌種退化的原因很多，其中菌種不純和基因突變是主要原因，另外溫度過高、不同菌株的混合栽培等都會引起菌種退化。
 　   防止菌種退化的措施有：保證菌種的純培養，注意不要用被雜菌污染的菌種，不要近距離相連接培養；嚴格控制菌種傳代次數，減少機械損傷，保證菌種活力；適當低溫保存菌種，低溫型菌種如蘑菇、香菇等，在4℃有利于保存菌絲體的活力，高溫型菌種如草菇在16℃有利于保存菌絲體的活力；避免在單一培養基中多次傳代；菌種不宜過長時間使用，超齡菌種會出現老化，而老化與退化是有機相連的，生活力弱的菌種很容易出現退化；菌種要定期進行復壯，在適溫、合適酸堿度、充足氧量、無雜菌培養等條件下進行；每年進行孢子分離，以有性繁殖來發現優良菌株，以組織分離來鞏固優良菌株的遺傳特性。