一、平菇  菌絲潔白，濃密，粗壯，呈綿毛狀，有爬壁現象的，為優良菌種。若用木屑培養的菌種，被分解的木屑呈淡黃色，并有少量原基出現的，為優良菌種。若菌絲稀疏或呈束狀，棉子殼培養基呈暗紅色，木屑培養基發白，菌絲脫離瓶壁并萎縮，菌瓶基部有黃色積液，或培養料表面出現霉點的，為劣質菌種。 
        二、木耳  菌絲潔白，粗壯，整齊的，為優良菌種。若菌絲稀疏，可見培養料顆粒，在菌絲滿瓶之前出現原基，菌瓶基部出現淡黃色積液的，為劣質菌種。
　　三、金針菇  菌絲潔白，粗壯，或外觀呈細粉狀，長勢良好，后期在培養料上呈叢狀，出現子實體的，為優良菌種。菌絲不能向下深入生長，出現吐黃水現象的，為劣質菌種。
　　四、香菇  菌絲潔白，呈綿毛狀，生長均勻，易形成原基的，為優良菌種。瓶內菌絲稀疏，脫壁，萎縮的，為劣質菌種。
　　五、草菇  菌絲呈白色、透明狀的，為幼齡菌種。菌絲呈黃白或灰白色、透明狀的，為適齡菌種。上層菌絲萎縮的，為老齡菌種。幼齡和老齡菌種都不能用于栽培。
　　六、蘑菇  菌絲灰白，微帶藍色，呈細線狀的，為優良菌種。菌絲淡黃色，萎縮的，為劣質菌種。
　　七、猴頭菇  菌絲潔白，粗壯，上下分布均勻，在培養基表面易形成子實體，且子實體肉厚的，為優良菌種。菌絲稀疏，纖細，分布不均勻，或瓶底積滿黃色黏液的，為劣質菌種。