食用菌多數是好氧性的。同其它生物一樣，食用菌的呼吸作用是吸收氧氣，排出二氧化碳。食用菌分解糖類等有機物質是靠氧化作用進行的，過高濃度的二氧化碳直接影響食用菌的呼吸活動，而有礙生長發育。

一般在菌絲體生長階段消耗的氧氣不多，不過通氣與否對菌絲體的生長速度也有明顯影響。在子實體形成時期則需要消耗較多的氧氣，此時通氣好，氧氣充足，能促進子實體分化和長大。否則，通氣差，二氧化碳積累多，子實體就難形成，生長也慢。

當子實體形成后，呼吸作用旺盛，對氧氣的需要量急劇增加，此時若通氣不良，小食用菌會變黃死亡；開傘階段，氧氣不足，便不會散放孢子，孢子在氧氣不足的情況下也不會萌發。靈芝子實體在二氧化碳為0. 1%環境中，一般不形成菌蓋，菌柄分化成鹿角狀分枝。

二氧化碳濃度增加到10%時，沒有任何組織分化，甚至影響皮殼發育。二氧化碳濃度達到0. 1%時，猴頭菌形成珊瑚狀分枝；蘑菇、香菇出現柄長、開傘早的畸形菇。

為了保證菌絲體生長對氧氣的需要，培養母種時常將培養基制成斜面，培養原種和栽培種時培養料只裝到瓶肩處，而且裝料要松緊適度，并于中部從上到下戳一個洞。

為了保證子實體生長對氧氣的需要，當子實體原基一形成，就立即加強培養室的通風換氣，隨著子實體的長大，通風換氣也相應增加。