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3.根據培養基的作用區分
    （1）選擇培養基：主要用于微生物菌種的篩選。它是根據某一微生物的特殊營養要求或對某些因素的抗性而設計的培養基。
    （2）鑒別性培養基：這是一類利用顯色，快速鑒別疑難菌落的培養基。它主要是用于細菌的分類鑒定。
    （3）種子與發酵培養基：在工業深層發酵中，為了得到充足、優質的種子而設計的培養基，叫種子培養基。為了使微生物進行大量深層發酵，獲取代謂}產物的培養基稱為發酵培養基。
    本書主要圍繞著食用菌菌種分離與培養過程中涉及的培養基進行論述。
（二）菌種類型
    根據食用菌生產栽培對所用菌種的制種工藝程序、分離接種途徑等綜合因素的不同要求，可把菌種分為三級。
    1. 一級種（母種）
    根據不同的培養基配方，加熱溶解后加入凝固劑，塞上棉塞，經過高壓滅菌、冷卻，凝固成斜面，常稱之為空白斜面試管。它主要用于菌種的分離、提純、轉管、擴大和保存。
    將欲分離的菇耳組織體或孢子在無菌條件下，接入空白斜面試管，經過培養、提純（純化），獲得純菌絲，再經轉管，初步確定為原始母種。除單孢子分離外，所獲得的純菌絲要經過出菇試驗，證實其具有結實性，可確定為原始母種。
    原始母種數量較少，一部分原始母種作為貯藏保存之用，另一部分在無菌條件下進行再次轉管擴大成母種，用于生產。通常人們所述的母種大多是從原始母種轉管在空白斜面上的培養物。也有人將母種稱為原種，但國內習慣上多將此培養物稱為母種。為了避免混淆，現將此培養物稱為一級種。一級種以不同規格口徑的玻璃試管為容器。
    2.二級種（原種）
    二級種又稱原種，由一級種繁殖而成。其培養基是以天然材料為主，添加適量可溶性營養物質配制而成的固體培養基。該培養基更接近于生產基質，因此，二級種完全可以直接用于生產栽培。但由于數量較少，若用于生產，則成本過高，只有繁殖成三級種后，才能適應生產的需要，為此二級種又稱過渡種，即從一級種向三級種的過渡，從少量向大量過渡。在這過渡過程中，為保證三級種應有的高純度，和一級種一樣有必要強調菌種培養基滅菌要采用高壓滅菌。
    二級菌種在培養過程中為了便于觀察，必須采用玻璃容器，最常用的是750mL的廣口瓶（菌種瓶）。
3.三級種（栽培種）
    三級種由二級種擴大繁殖而成，其培養基和二級種基本相同，是直接用于栽培的菌種，故又稱栽培種。由于三級種是菌種場的主要產品，參與商品流通，為了避免運輸上或使用中造成的容器破損和因此而導致的污染率上升，同時也為了降低生產成本，常用聚丙烯塑料袋代替菌種瓶。三級種生產量大，用常壓滅菌鍋比較危險，三級種有時也會因滅菌不徹底，導致純度可能偏低，不宜再度擴大繁殖，否則可能引起菌種的污染。因此，最好使用高壓滅菌鍋進行滅菌，以保證菌種瓶（袋）不受污染。從數量上看，一支一級種可繁殖6～8瓶二級種，一瓶二級種可繁殖20～40袋三級種。可見，一支一級種經三級擴大后繁殖能力擴大了數百倍，完全滿足栽培的需求。