靈芝菌種是靈芝生產的前提和關鍵。菌種質量的優劣直接響靈芝的產量和品質，因此選育優良品種十分重要。―個好的靈芝品種，通常具有以下特點：菌絲生長活力旺盛、適應性強，對外界不良環境的抗性強；菌絲生長迅速，抗雜能力強出菇早，周期短，菇形漂亮，朵大，色澤美觀等。在同樣的 栽培條件下，其產量和質量均高于一般的品種，因而給人們帶來 更大的經濟效益。目前，食用菌選育種采用的方法主要有人工選擇、誘變、交育種等。隨著近代生物工程的發展，原生質體融合技術育種新技術也得到了廣泛的應用，也是食用菌育種的―大突破，為培育優良菌種提供了更可靠的技術基礎，基因工程育種更是分子水平上的革新。
2、人工選擇
人工選擇也稱淘汰法。它是較原始的育種方法，即從自然界有的菌株中通過人工選擇，利用人工方法來控制生物的生殖，使生物生殖有選擇地進行，從而去劣存優，形成人類所需要的優質新品種。人工選擇方法簡便，主要有以下幾個步驟：
(一) 收集原始品種 根據靈芝的特點，確定采種目標盡可能收集菇形漂亮、朵大，無病蟲害等有代表性的菌株。
(二) 分離純種種菇 采到后，要盡快進行組織分離，以取得純種。
(三) 測定菌株生理特性 分離后，觀察菌絲生長的速度、長勢，對溫度、濕度、光線等條件的反應，初步了解其生物特性。
(四) 試驗對照 采用不同的栽培方法，比較各菌株的生產性能、產量、品質、菇期、溫性等各方面進行記錄。
(五) 規模試驗 對比試驗后，選擇相對優質的菌株再進行規模化試驗，以便進一步選擇優良菌株。
(六) 茵株推廣試驗 經過規模化試驗后，進一步確定了菌種的性能，從而可大面積生產，對廣大菇農進行示范推廣
3、誘變育種
誘變育種是在人工選擇上的一種新的進步，它改變了菌株的基因，也實現了基因重組，育種效果更好。
誘變育種的一般方法：
選擇出發菌株→制備孢子懸浮液→活菌計數進行誘變處理→涂布培養→挑菌移植→初篩→斜面傳代→復篩→選定優種
誘變育種不僅提高了菌株突變率，操作簡單，可直接作為篩選優良菌株的方法，而且可為雜交育種、細胞融合提供遺傳標記。但也有一定的缺點：缺乏定向性，必須做大量篩選工作。
4、雜交育種
雜交育種的一般方法：
采集與選擇親本→單孢驗證→單核菌絲兩兩配對，進行雜交→結實性能鑒定→生產性能鑒定→擴大規模試驗→進行推廣示范
雜交育種在誘變育種上又前進了一步，可選育出穩產、高產的優質菌株。但如果將雜種后代進行自交和選擇，從自交中進行再選育，可促進后代個體間的分離和優良品種的純合化，使菌株更穩定，更純合，更優良。
5、細胞融合工程育種
細胞融合工程是近代生物工程的重要內容，也是遺傳育上的一種重大飛躍。在70年代已開始應用于擔子菌。1983年，我國開始應用于食用菌的育種。細胞原生質體的融合是通過脫壁后的不同遺傳型原生質體，在融合劑的誘導下進行融合，使細胞中的全基因組有效地混合，進行整套基因的交換與重組，從而達到選擇新優個體的目的。
細胞融合工程育種的一般方法：
選擇親本→確定親本的遺傳標記→親本原生質體的分離→原生質體的再生和培養→原生質體的融合→融合體的再生和培養→融合體的檢出、篩選
6、基因工程育種
基因工程是分子生物學上的一次技術革新，它是用人工方法把人們所需要的某供體菌株的遺傳物質dna分子提取出來，導入到受體菌株的細胞中，使外來供體菌株的優良性狀在受體菌株中進行復制和表達，從而獲得更高產、優質的菌種。
基因工程育種的一般方法：
供體菌株選擇→基因分離→體外重組→載體傳遞進入受體細胞→重組dna的復制、表達→篩選出新個體
