食用菌生產過程中，制種是關鍵的一環。而在菌種的制作過程中，操作不當，消  毒不徹底等原因會導致雜菌的侵入，污染菌種，使食用菌商品率下降，效益下降  下面就食用菌生產中常見的雜菌及防治措施介紹如下。
　　一、青霉菌是最常見的一種雜菌。污染后在培養基上呈現小而單獨的綠色粉末狀 。霉斑。該菌分布極廣，靠空氣中的分生孢子附著在未經徹底消毒而潮濕的材料上傳播。
　　防治措施： 
　　1、培養料要嚴格消毒。
　　2、接種時要嚴格掌握無菌操作技術。
　　3、加強通風 、降溫、降濕。
　　4、局部污染可用5-10%石灰水沖洗。 
　　二、木霉菌主要是綠色木霉或康氏木霉。依靠產生于腐爛的木材、種子、植物殘體、堆肥及土壤等有機質培養料中和浮游在空氣中的孢子進行傳播。該菌喜酸性 ，溫度達25-30℃，空氣相對濕度80-90%時容易發生，能在3-5天內由點片發展到 整個料面。木霉常與青霉混生，二者菌絲顏色相似，不同處是青霉由白向綠或淡黃色轉變，而木霉菌絲開始為白色，產生綠色孢子后變成綠色或銅綠色，并逐漸 加深。木霉菌的纖維素酶活性強，能分解纖維素，主要發生于室內鋸木屑等木質 素纖維豐富的培基中。因其生長迅速，除與食用菌爭奪營養外，還分泌毒素，所以常與食用菌絲體間形成對峙的"島嶼狀""拮抗線"抑制食用菌菌絲的生長。
　　防治措施 ：
　　1．培養料嚴格消毒，徹底消滅培養料中的菌絲及孢子；做好無菌操作 ，加強通風、降溫。
　　2．消毒時甲醛用量不宜過多，防止造成酸性環境。
　　3．培養基上有木霉時，及時局部涂755酒精、15%漂白粉液，50%多菌靈200倍液，噴1-5%的石灰水或撒白灰粉再行挖除，后用石灰水涂抹。處理時最好將菌種袋（瓶）搬到室外，防止孢子飛散。出現木霉后，嚴禁任意打開瓶蓋或揭開薄膜，避免蔓延。利用塑料袋制種時，培養期間不宜過多的移動。
　　4．及時揭除未萌發的菌種塊。
　　5．菌種瓶及菌種袋的棉塞不能受潮，培養室保持干燥清潔。 
　　6．母種要純正。
　　7．拌料時 每公斤干料加入25%（或5%）的多菌靈2克或75%的甲托1克。 
　　三、毛霉、根霉和曲霉毛霉又名長毛菌，主要發生在室內栽培菇（耳）的初期培  養基上和菌種上。菌絲初期呈白色或灰白色，后轉為淡黃色。菌絲稀疏、粗壯，  一根根看得清楚。培養料含水量愈大，發生愈重。分解淀粉能力強，生長甚快。 
　　在料面上交錯生長，形成疏松的針狀長毛，約經3天，可覆蓋整個料面，隔絕氧氣 ，爭奪養料、水分，并分泌毒素，影響食用菌菌絲的生長。40小時左右后，能產 生大量黑色孢子。根霉與毛霉相似，唯在培養料中無明顯菌絲，僅平貼基物表面 葡匐生長，無氣生菌絲。曲霉在培養料含水量偏低，溫度又高時容易發生。菌絲 初期為白色棉絮狀，后轉為黃色，溫度達27℃以上時產生大量孢子，因菌種不同 ，而有黑、黃綠、橘黃和橘紅等顏色，擴散極快。毛霉、根霉和曲霉分布很廣，土壤、肥料、空氣中都有孢子。
　　防治措施：
　　1、徹底消毒、滅菌，搞好無菌操作。
　　2、拌料時每公斤干料加入25%（或 5%）的多菌靈2克，或75%的甲基托布津1克。 
　　四、鏈孢霉菌又叫好嗜脈孢霉菌，各級菌種生產過程中都能危害。特別是當氣溫高，濕度大時容易發生。該菌在自然界中分布很廣泛，各種有機質，如玉米芯、玉米稈、棉籽殼、廢棉等都容易發生。到處都有它的分生孢子飄浮。當其沉降到有機物表面后，很快萌發出菌絲。菌絲蔓延很快，初呈灰白或黃白色，纖細，向下迅速生長，并長到棉塞上。在棉塞外，形成大量淡紅色呈粉狀的分生孢子，堆 
積成團，厚度達1厘米許，故又稱紅粉菌。稍受震動，孢子便散放到空氣中，到處傳播。
　　防治措施：
　　1、搞好環境衛生，廢培養料要深埋。
　　2、培養料徹底滅菌，棉塞不可受潮 ，受潮后及時更換。菌種瓶（袋）要無破損。
　　3、接種室要徹底消毒，嚴格遵守無菌操作規程。
　　4、地面撒石灰，必要時瓶口棉塞上也撒石灰，保持干燥。"發現后及 進剔除、燒毀，并用75%可濕性托布津500倍液噴灑，或每米m3空間用10毫升甲醛熏蒸。