適時采收。無論春耳、伏耳、秋耳，都要在雨過天晴、耳片稍干后采收。如果天氣干旱，應在采收的頭天傍晚均勻地噴一些水，在次日早晨露水干后采收，這樣的木耳不易碎。如遇連綿陰雨天氣也必須采收，以免造成流耳。通常用小竹刀或小刀沿著子實體的邊緣插入耳根，割下耳片并挖出耳根。
及時制干。采收后的鮮木耳含水量較大，如不及時制干，易腐爛變質。制干的方法有兩種：一種是選晴朗天氣，將采收的木耳薄薄地攤開暴曬1-2天，達到制干程度即可；另一種是若采收后適逢雨天，可自建簡易烤室，將鮮木耳擺在烤篩上，在下面燒炭火加熱，溫度以不超過40℃為宜。烘烤時烤篩左右移動，使其均勻受熱。烘烤時切勿翻動和煙熏，以免影響品質。
分級裝袋。制干的黑木耳應剔除碎片、雜物等，可以按大、中、小或好、中、差三個標準用無毒塑料袋裝好并扎緊袋口，密封放置在木箱或木桶內，然后將木箱或木桶放置在干燥、通風的室內。
