秋冬季是生產食用菌的黃金季節，但每年因接種污染給菇農造成的經濟損失在20％左右。采用以下5種方法，可降低接種污染率。
一、瓶裝發酵料 在培養基的上方離瓶口4厘米處裝入1～2厘米深的發酵料，再滅菌。其優點是雜菌不易浸染培養基，并且菌種的菌齡一致。
二、麥粒發芽法 讓麥粒發芽后再裝瓶滅菌。即一次性讓做菌種的麥粒發芽，芽的長度為麥粒的1～2倍，再充分曬干貯存。在做菌種的前1天，浸泡麥粒12小時，直接裝瓶滅菌。其優點是省去煮麥粒的過程，發菌快，雜菌少。污染率在2％～3％。
三、使用液體培養基 傳統菌種培養采用的是固體培養基，固體培養基的缺點是發菌慢，菌齡不一致，雜菌浸染的幾率大。改進的方法是使用液體培養基，這就克服了固體培養基的缺點，可以直接把用液體培養基培養的菌種作為栽培種進行栽培，污染率可降至2％。
四、從原種瓶的下部接菌 原種瓶下部的菌種菌齡短，生命力旺盛，并且雜菌少，接種后菌絲吃料快，污染率低。建議將正常原種瓶口上部1/5的原種棄掉，污染率可降至3％。
五、合理安排制種季節 在高溫潮濕環境中，雜菌蔓延快。改進方法是在氣溫較低的時間接種，如早晨或晚上。如果在有空調的室內接種效果更佳。
