在利用金寶貝發酵劑處理食用菌栽培料過程中，培養料中的微生物分解碳水化合物，所產生的能量一部分用于微生物自身的生長繁殖，一部分以熱能的形式釋放出來。在此過程中氮素轉化為菌體蛋白而殘留下來，這種菌體是蘑菇的重要營養源。由于碳素的減少和氮素的殘留，堆制過程中碳氮比減小。金寶貝發酵劑功能微生物發酵期間，金寶貝發酵劑中的功能微生物能夠同化的碳素量，大體是堆肥總碳量的30％；而要同化這些碳素，還需要同化碳素量10％的氮素。如果堆肥中含有100千克碳素，微生物只能同化30千克，同時還需要搭配3千克氮素。否則微生物的同化作用不能順利進行。初始堆肥中的碳素與氮素比例應為30～35:1，以33：1為最佳。蘑菇堆肥糞草成分的配比及加尿素的數量應嚴格按照這個要求。如果氮肥不足，就會明顯影響蘑菇的產量;若氮肥過多，不但會造成浪費，還因碳氮比失調而導致出菇困難。在適當的范圍內，堆肥的含氮量與產量呈正相關性。