菌袋在室內培養期間要翻堆4-5次，第1次在接種后6-7天，以后每隔7-10天翻堆一次。翻袋時認真檢查雜菌，及時處理。
一、輕度污染：只在菌袋扎口處或褶皺處出現零星點狀或絲狀的雜菌小菌落，沒有蔓延的可用注射針筒吸取75%的酒精50毫升配加36%的甲醛30毫升的混合液，注射受害處，并用手指輕輕按摩表面，使藥液浸入雜菌體內，然后用膠布粘住注射口。
二、接種穴污染：雜菌侵入接種穴，而菌絲還處于生長階段，對香菇菌絲生長影響不太大的菌袋，可先用5-10%的石灰水上清液，后用50%多菌靈溶液抹涂患處，但要避免涂到香菇菌絲。
如發現死菌的，應在無菌條件下重新接種。嚴重污染菌袋 基本遍布雜菌花斑點，應采取破袋取料，拌以3%的石灰溶液悶堆一夜，攤開后曬干，重新配料，裝袋滅菌，再接種培養。
