一、改善生態環境
栽培場地要選擇在靠近水源、空氣流暢，四周寬闊，遠離禽畜飼養場、釀造廠、生活區及醫院至少1500米場地采取翻土、曬白、灌水等措施取代農藥進行消毒。水源水質清凈無污染。嚴禁污水噴菇，浸洗。栽培、加工設施內外不得存放菇根、死菇、蟲口菇、培養基棄料。
二、合理選用原料
要嚴格按照WTO/SPS植物險疫的新要求，對使用的棉皮，麥草、玉米芯、豆餅等栽培原料要求無霉變，無農藥殘留。培養料配制時不得加入任何化肥、農約及生長激素類物質。配料，栽培及管理用水要清潔，無任何污染覆土材料選用無農藥、化肥污染的荒坡地下土，經太陽曝曬后使用。糞草生菌類栽培配方中的畜禽糞要求畜禽散養，不含激素、抗生素和化工產品。
三、提倡生物防治
培養料配制可采用植物抑霉劑和植物農藥，如中藥材紫蘇、菊科植物除蟲菊、酯類農藥、木本油料植物菜子餅等，均可制成植物農藥進行殺蟲、治螨。也可以采用壯菇抑蟲，在菌種選育、培養料配比、堆料發酵、接種發菌、出菇管理的各個環節都要嚴格把關，育壯菌絲體、子實體，增強自身抗病抵害能力。還可以采取與特異性菇類輪作、間作等模式，如竹蓀有一股濃香味，蚊蟲聞而生畏，采用菇、蓀輪作也有利防蟲。
四、實行物理滅菌防蟲
接種室、發菌室、超凈工作臺等，采用30瓦紫外線燈或電子臭氧發生器進行消毒滅菌。栽培房采用黑光燈或安裝粘蟲板來誘殺菇蚊、蠅、葉蟬等昆蟲。菇房（棚）門窗安裝防蟲網、紗窗等。栽培及加工原料，工具、設施的消毒，要選用巴氏法滅菌，通蒸汽使溫度達60℃維持10小時，不得使用甲醛、來蘇、硫磺等化學藥物。
五、嚴格科學用藥
堅持頂防為主，在必需使用化學農藥時，須選用高效、低毒，低殘留的藥劑。如敵百蟲、辛疏磷、克螨特、銳勁持、甲基托布津、甲霜靈等，在沒出菇或每批菇采收后用藥，并注意少量，局部使用，防止擴大污染。嚴禁在出菇期噴灑農藥，禁止在菇類生產過程中使用甲胺磷、甲基1605、1059、久效磷、水胺疏磷殺蟲脒、氧化樂果、毒樂酚等一切汞制農藥及其他高毒、高殘留農藥。
六、產品加工符合標準
食用菌產品常因加工流程的不當引起含硫量超標等不符合相關標準的現象，為此，必須確立科學，正確的加工流程和操作制度，使用精密度好的先進機械設備進行加工。菇品包裝必須符合國家衛生標準，即干食用菌衛生標準、鮮食用菌衛生標準及食品包裝衛生標準等。
