水雙孢菇生產中必不可缺的因素，自覆土后直到出菇，科學合理進行水分管理，對于確保菌絲健壯活力、出菇數量及出菇一致有著重要作用。
首先要適時噴好“壓菌水”。當床面覆土層有菌絲冒出，說明菌絲已發至料底并在土層內已充分發好，已具備了結菇能力，此時應適時噴壓菌水。方法是：加大通風，使土面菌絲倒伏；并根據土層發菌情況掌握噴水量，一般每平方米1千克左右，分為早晚各一次進行，達到使土層厚度的1/2洇透水的目的即可。噴水后，菌絲不再鉆出土面，并結合通風，使土表失水、略有發白現象，菌絲在土層下橫向生長、連結，并達到生理成熟，向生殖生長方向過渡。
第二要重噴“結菇水”。結菇水在壓菌水3天后噴施。根據培養料含水及覆土層含水狀況，按每平方米3千克左右用量分4次噴入，直到覆土層濕透水但無下滲水為準。土層未濕透，說明水量不足，土層有水滲入基料，說明用水過多，可能會對以后的出菇發生不利影響。噴結菇水時，應加強通風，有條件的應采取強制通風措施。2～3天后可見有小菇蕾現出。
第三要足量噴施“出菇水”。出菇水的用水量與噴灑方法與結菇水相仿。此時已有菇蕾現出，注意水溫要盡量與棚溫相仿，不可使溫差過大；有菇蕾的地方應多次、少噴，總量要足，但仍應注意土層中不要有水滲入基料，這一點非常重要。
第四要噴好“維持水”。每天應根據天氣的陰晴、溫度、通風等情況掌握噴水次數及用水量，保持空氣濕度90%左右，使覆土面基本濕潤。隨著子實體的不斷長大，噴水次數及用水量也應不斷增加，至菌蓋直徑1厘米時，可直接噴施食用菌三維營養精素溶液，10月份每天噴一遍，10月中旬以后，可間隔一天噴一遍，并根據棚內濕度向子實體噴水。
