在草菇栽培中，害蟲的危害經常比雜菌的危害更大，且更難防治。防治效果的好壞直接影草菇產量的高低，危害嚴重是時，會導致絕收。
一、菇螨
菇螨也稱菌虱、菌蜘蛛、螨蟲，為害多種食用菌。螨類取食菌絲，使菌絲萎縮，甚至消失，造成栽培失敗。常見的螨類有蒲螨、粉螨。由于菇螨蟲體小，肉眼不易看清，集中成團時呈粉狀。培養料、老菇房、菌種等是螨類的重要傳染源。
防治方法：以預防為主，菇房盡可能遠離倉庫、飼料間、禽畜舍等，栽培原料在進行二次發酵，危害嚴重時，菇房在重新鋪料前要用敵敵畏、殺螨醇等殺螨劑500倍液噴霧或熏蒸24小時，一旦發現體小呈扁平或橢圓形、白色或黃色、長有多根剛毛的菇螨時，要立即選用以下方法將其殺死。
1、熏蒸殺螨。將棉球蘸是敵敵畏，放在床架底料面上，然后用塑料布覆蓋床面，使用藥物揮發熏蒸面毒死螨蟲。
2、噴藥殺螨。用50%的氧化樂果1000倍液、菊樂合酯1500倍液或克螨特500倍液噴霧殺螨。用洗衣粉400倍液連續噴霧2-3次，也有很好的殺螨效果。
3、菜籽餅誘殺。在菇螨為害的料面上鋪若干塊濕布，把剛炒香的菜籽餅撒在濕布上，待螨蟲聚集到濕布的菜籽餅粉上時，將濕布取下置開水中片刻即可殺死螨蟲。
4、糖醋藥液誘殺。取1份醋酸、1份清水、0.1份白糖，混勻后滴入1-2滴敵敵畏，即配成糖醋藥液，用紗布條或棉花浸濕液放在料面上，待螨蟲群集其上時，取下燙死害蟲。重復以上操作，直到無螨蟲為止。
5、鮮骨誘殺將新鮮豬骨放在菇螨出沒為害蟲的床面上，相間排放。待螨蟲群集其上時，將骨頭置開水中片刻即可殺螨蟲。反復進行幾次，直到床面上無螨為止。
二、菇蠅
在菇場四周設排水溝，排除積水，并定期用0.5%敵敵畏噴殺；培養料進行二次發酵，殺死料內幼蟲和卵；用黑光燈誘殺。
三、菌蚊
保持菇房干凈，栽培場所應遠離垃圾堆及腐爛物質，收獲后的舊料應及早清除，嚴重時，出菇前或采菇后噴晶體敵百蟲1000倍液進行防治。
四、線蟲
培養料含水量嚴格控制在70%左右；進行二次發酵；栽培前，認真打掃衛生，通風干燥后，在墻面、地面、床架上噴晶體敵百蟲1000倍液。
