內生菌是生活于健康維管束植物、藻類、地衣和苔蘚植物的活組織內部，不引起宿主生物明顯不利癥狀的細菌和真菌。其中，內生真菌的研究較多。內生真菌是真菌生物多樣性的重要組成部分，發揮著多種不同的生態作用。很多內生真菌可以產生多種生物活性物質，具有抗菌、抗癌、抗氧化、抗病毒、免疫調節和殺蟲等功效，廣泛應用于醫藥、農業等行業。蕈菌具有肉眼可見的大型子實體，可以支持種類豐富的其他微生物的生存。然而，與植物內生真菌相比，蕈菌內生真菌報道較少。1955年，Watson首次采用組織分離的方法，從健康的乳菇（Lactarius spp.）和綠菇（Russula spp.）子實體分離出內生真菌Calcarisporium arbuscula。

　　羊肚菌是世界范圍分布的一類屬于子囊菌門的珍稀大型真菌，營養豐富，口味獨特，并具有抗疲勞、抗腫瘤、調節機體免疫力等功效。這么一種有價值的“食材”，不但人類喜愛，其他微生物也伺機而發，時刻準備著分一杯羹。事實也證明，羊肚菌子囊果上隱匿著大量的內生真菌，這些內生真菌通常并不引起羊肚菌的病害，但不保在環境適宜的時候，它們揭竿而起，侵占這個營養豐富的“溫床”。

　　我們在對四川、河南、湖北等地的粗柄羊肚菌的（其他羊肚菌同樣還有不同類型的內生真菌）內生真菌分析中發現，大部分的內生真菌為子囊菌或其無性性，一株為接合菌（高山被孢霉），而羊肚菌同樣也是子囊菌，這可能就增加了它們發病的時候藥物的防治效果。目前還未有關于羊肚菌真菌病害的報道，是否這些內生真菌會篡位至病原菌還不得而知。

　　雖然羊肚菌是美味的食用菌，深受各國人民喜愛，但據報道，生食或烹飪不良時食用，是有可能會引起胃腸型和神經型食物中毒。我們有理由懷疑，引起食物中毒的很可能是一些耐熱毒素，這可能與羊肚菌子實體的不良儲存有關。羊肚菌子實體不良儲存會使一些有害內生真菌進一步增殖，可能會增加食物中毒的幾率。如羊肚菌內生真菌中的腐皮鐮刀菌（Fusarium solani）的一些菌株是人類真菌病的病原因子；球毛殼菌是引起大腦暗色絲孢霉病、肺炎、指甲和皮膚感染的病原體；鏈格孢（Alternaria spp.）能產生幾種對人和動物有害的毒素，與一些血液病和食道癌癥等多種疾病相關。黑附球菌已知能引起過敏性肺炎和真菌過敏性鼻竇炎。羊肚菌有害內生真菌與食物中毒之間的關系，也是有必要進行深入研究課題。目前能做到的是，羊肚菌儲存過程中一定要注意防止潮度過大，引起內生真菌增值或其他雜菌侵襲，造成商品形狀下降。