雙孢菇近幾年發展較快，形成一定的面積和規模，但產量不是很高，尤其是死菇問題，給產量和經濟效益帶來很大的影響。
一、 死菇原因
1、 持續高溫
雙孢菇在秋菇生產過程中，溫度由高到低，適合子實體的生長發育。但由于氣候有時反常，尤其是春菇生長期間，氣溫突然升高，菇棚連續幾天溫度達到21—25℃，致使菇床水分蒸發和菇體新陳代謝加快，水分和營養供應不上。幼小菇蕾形成不久，如果溫度過高，不利于子實體的發育而有利于菌絲體繼續生長，已形成的小菇蕾營養倒流回菌絲體，導致小菇蕾枯萎死亡。
2、 通氣不良
如果菇棚長期通風不良，氧氣不足，二氧化碳濃度過高，子實體發育的代謝熱不能迅速排除，影響著子實體的正常生長發育，就會導致部分幼菇死亡，特別是高溫時死菇更為嚴重。
3、 養分不足
子實體的發育靠菌絲從培養料中吸取養分供給，如果培養料養分不足，勢必會影響小菇的正常生長發育而死菇。
4、 用水不當
蘑菇生長發育需水量較大，不同時期對水的要求不同。秋菇前期子實體多，氣溫高，造成覆土層和培養料水分蒸發量大，如果覆土層沒有及時補足水分，幼菇得不到應有的水分供應，就會枯萎死亡。出菇水或保菇水噴施過量，水分滲漏到培養料，使料層上部積水導致菌絲死亡，培養料發黑發臭，造成土層小菇養分供應不上而枯萎。高溫時噴關門水，使菇棚相對濕度在95%以上時，往往造成氧氣不足而使小菇窒息死亡。
5、 菌絲老化
蘑菇菌種無性繁殖代數過多會引起生活力下降，抗逆性較差，在出菇期間遇到不利因素的影響容易導致幼菇枯萎。原種、栽培種在制作培養過程中出現培養料不適，高溫培養或菌齡過長等都將引起菌絲退化衰老，生活力下降，菌絲體內養分積累不足而導致菇蕾萎縮死亡。
6、 酸堿度不適
蘑菇菌絲生長適宜酸堿度為6—8，在出菇期間，覆土層和施用水的酸堿度都在5以下就會導致菇蕾死亡，因酸性環境會影響菌絲細胞內的酶活性，細胞膜的透性及其對金屬離子的吸收能力，從而造成營養不足。
7、 出菇過密且部位過高
第一、 二潮菇出菇過密，在采菇時由于震動或機械損傷，會使部分小菇死亡。出菇前若菌絲生長太快，很容易形成高位菇，在土表形成過密的子實體，由于營養不良和噴水的沖擊，也會使部分小菇死亡。
8、 病蟲為害
常見病蟲危害造成死菇的種類有真菌性病害猝倒病，細菌性病害干腐病等；害蟲有螨類、果蠅類、癭蚊類的幼蟲，在生產上要認真區別對待雜菌、蟲害和生理性病害引起的死菇現象。
9、 濫用農藥
　　出菇期間過量施用農藥也是發生大量死菇的一個原因。
　　二、防治對策
　　1、投足培養料
　　雙孢菇的生長發育和任何生物一樣，需要有充足的營養基礎，要使蘑菇栽培獲得高產，避免因營養不良而發生菇蕾死亡現象，在培養料配制時，要求投料量30—35公斤/平方米，并認真做好培養料的堆制和后發酵工作，這樣有利于克服出菇后期因營養不足而死菇，從而獲得高產。
　　2、用優質菌種
　　挑選菌絲生長健壯有力的菌種。菌種培養基養分要充足，培養室清潔衛生，空氣新鮮。菌種培養過程要經常檢查溫度變化，使菌絲在適溫下生長，及時淘汰被污染的菌種。
　　3、適時栽培
　　一般于8月份備料，堆制，9月份播種。
　　4、科學用水
　　水分管理應因天氣、出菇量，因時制宜，晴天多噴，陰雨天少噴，菇多勤噴，菇少慎噴。結菇水要狠，出菇水要穩，轉潮水要重，維持水要常。進行科學用水，避免噴關門水。
　　5、通風換氣
　　蘑菇的正常生長發育必須吸收氧氣，排出二氧化碳。高濃度的二氧化碳對子實體發育有害，菇棚長期通風不良，二氧化碳濃度過大，氧氣不足，對蘑菇生長發育帶來不良影響，因此在栽培中要注意通風換氣。
　　6、病蟲防治
　　栽培中貫徹“以防為主，藥劑為輔”的原則。徹底清除病源和蟲源，防止病蟲隨培養料帶進菇床；利用后發酵殺滅培養料病蟲害；病蟲害發生后及時清除病菇死菇，并用藥物防治，以防擴大蔓延。