1.雜菌污染  
　　１）綠霉：綠霉是平菇栽培中危害最嚴重的一種雜菌。
　　原因：培養料質量差；含水量高；培養溫度高；菌種質量差。
　　辦法：選用優質培養料；含水量適宜；適溫養菌；選用抗逆性強、適齡的優質菌種。出現綠霉后將菌袋搬到室外低溫發菌即可。
　　２）鬼傘 ：是高溫期容易大量發生的一種競爭性雜菌。
　　原因：培養料質量差；pH值偏低；氨氣濃度高；培養溫度高。
　　辦法：選用優質培養料；調高pH值；減少尿素用量；發酵徹底；避免高溫危害。　　出現鬼傘時，應盡隔袋早將之擠爛并散堆降溫。
　　2.發酵時不升溫  
　　原因：料經過雨淋；料太粗；料太干或太濕；堆太小。
　　辦法：料顆粒度適宜，顆粒、粉末各占50%最好；含水量適中；料堆適當加大；溫度低時覆蓋草簾。 
　　3.不發菌 
　　原因：菌種老化；氨氣濃；燒菌。
　　辦法：選用適齡優質菌種；減少化肥用量；發酵結束后，料溫冷卻至30℃以下才能開始接種；養菌溫度不超過28℃。
　　4.不出菇
　　原因：菌齡偏短，未達生理成熟；無溫差或溫差小；料面太干；菌種溫型不對。
　　適時解口出菇；拉大溫差；解口后立即增加濕度。低溫種高溫下不出菇。 
　　 5.畸形菇 
　　（１）長腿菇：
　　原因：二氧化碳濃度高；品種不對路；光線太弱。
　　辦法：加強通風換氣；選擇對路品種，中溫種低溫下長成長腿菇；增加光照。
　　（２）藍（紫）色菇 ：
　　原因：一氧化碳濃度高，煤氣中毒。
　　辦法：加強通風換氣，用煤爐加熱時需安排氣筒。 
　　 6.菇蕾死亡 
　　原因：菇蕾期噴水過重；高溫高濕；通風不良；害蟲危害。
　　辦法：在菇蕾生長期嚴禁向菇上噴水；不打關門水；防止高溫悶棚，防治害蟲。 
　　總之，栽培平菇應當根據其生物學特性進行管理，要想獲得優質高產，必須選用優質菌種，培養料含水量不能偏高，培養溫度不宜偏高。