金針菇基腐病又叫根腐病，該病多發生在生料栽培的金針菇上，但近年來在熟料栽培及瓶栽中發生也較普遍，危害較嚴重。 
　　癥狀：發病初期，菌柄基部發生水漬狀小斑，隨著病情的發展，逐漸擴大，并且顏色逐漸加深，后變成黑褐色腐爛狀。子實體發育階段，菌柄基部變黑褐色至黑色腐爛，基部腐爛后，子實體倒伏。幼菇發病，不會倒伏，逐漸萎縮停止生長。 
　　病原：病原菌屬半知菌亞門的瓶梗青霉菌，在馬鈴薯蔗糖瓊脂培養基上生長時，菌絲灰白色，纖細，生長速度快。分生孢子形成后，菌落成灰白色粉狀，菌落下部的培養基變成深紅色或紫紅色，后整個菌落呈粉紅色。顯微鏡下，分生孢子梗在菌絲上長出，呈指狀生長，頂端形成長鏈狀的分生孢子鏈，待分生孢子成熟后，從鏈頂端往下脫落。 
　　發病特點：病菌多生活在土壤中及有機物上，寄生性弱，以腐生生活為主，可通過空氣進行傳播進行初次侵染，在中溫高濕或低溫高濕的環境，尤其是在培養料表面長時間積水的條件下，病菌進行侵染，多從菌柄侵入，其病情蔓延速度較快。病原菌多次人工接種在平菇子實體上不發生侵染。該病在室內栽培中發生較多，發生于棉籽殼生料栽培的菇床上。 
　　防治方法： 
　　（1）在配制培養料時，嚴格控制含水量，在子實體生長階段，避免菇床上長時間積水。 
　　（2）搞好菇房環境衛生，適時通風透氣，控制空氣相對濕度不超過95%。 
　　（3）化學防治 發現有病菇，及時清除，后噴灑1：500倍的25%多菌靈或1：800倍的70%甲基托布津，或1：500倍的65%代森鋅。常用藥劑 ：多菌靈、甲基托布津、代森鋅。