栽培食用菌后產生的廢料是一種優質的有機肥，深施后掩埋，可改良土壤。
　　現在，不少菜農為增加大棚土壤有機質的含量，把食用菌廢料作為有機肥直接施到了土壤中，但施用后卻出現了燒根現象。對此，有些菜農提出了疑問：“食用菌培養料都是熟料，經過了高溫消毒，菌絲又充滿了菌袋，難道還沒有充分腐熟？”
　　其實，食用菌培養料的高溫蒸料過程只是一個滅菌消毒過程，只是將食用菌原料中的各種真菌、細菌、寄生蟲卵等經過高溫殺死，不具備發酵腐熟的作用。有機肥發酵腐熟需要的溫度在60℃~70℃，熱量主要由微生物分解產生，它主要的作用是將有機肥中的有機質分解為腐殖酸等活性成分，將固態的氮、磷、鉀等在微生物的作用下轉化為有利于作物吸收的速效養分。
　　食用菌栽培過程中菌絲可以充滿整個菌袋，但現在栽培的食用菌多為中低溫型，多在低于18℃的條件下進行栽培。而這樣的溫度僅僅適合食用菌的生長，不具備發酵腐熟的條件。
　　所以菜農在施用食用菌廢料時，要注意先進行堆漚發酵，待其充分腐熟再施用。