有機食用菌菌種保藏可有效保持其優良種性，延長優良品種使用的年限，因此，它與新品種的選育具有同等的重要性，是有機食用菌生產中的一個必不可少的重要環節。
1、井底低溫貯藏
將要貯藏的試管母種，用無菌橡皮塞蘸石蠟封口，裝入密閉的大口瓶子里或塑料袋中扎緊，沉入井底貯藏，可貯藏2～5個月。
2、石蠟封口貯藏
把蠟紙裁成6～8厘米見方，放入75%酒精中浸泡l分鐘。將已培養好試管種的管口在酒精燈火焰上方旋轉滅菌后，用鑷子取出蠟紙，扎緊管口。再將包好蠟紙的管口浸入熔化的石蠟中，將蠟紙完全浸入，使蠟紙緊緊封包在管壁上，絕不漏氣。待石蠟冷卻凝固后，置冰箱或室溫下保存。
3、玻璃紙封口貯藏
用明膠15克(粘合劑)，硫酸銅2克，美藍1～2滴(指示劑)，溶于100毫升熱水中，配制成封口劑。將新長滿的母種拔去棉塞，管口朝下，蘸上封口劑，貼上用95%酒精浸泡過的玻璃紙，用石蠟熔封。在室溫下，菌種至少可保存8個月，并能防止霉菌或螨的浸染。在斜面注入無菌礦油(液體石蠟)，可大大延長貯藏時間。
