我國雙孢蘑菇生產存在的問題主要有：單產低，生物學效率低；病蟲害發生嚴重，影響了蘑菇的產量和質量。
1．單產低 解決問題的方法應是使用優質高產菌株。目前2796菌株生產上使用較多，產量比較穩定，應用二次發酵。
2．病蟲害發生嚴重 病蟲害是蘑菇栽培中的一個國際性問題，嚴重影響蘑菇的產量與質量，必須綜合防治才能達到預期的目的。生產中應注意：①保持環境衛生，調節好菇棚溫、濕、氣之間的矛盾；②確保堆肥質量，推行二次發酵，適時播種，及時覆土，覆土材料用前認真作消毒和滅蟲處理；③發生病蟲害時應及時用藥物防治，將損失控制在最小范圍；④與綠色植物輪作倒茬，避免重茬現象影響產量。
