1.木霉。培養料被木霉侵染后，先產生白色棉絮狀菌絲，后從菌絲層中心向四周擴展至邊緣呈淺綠色，最后轉為深綠色，且出現粉狀分生孢子。
防治方法：一是保持場地及工具潔凈，經常對培養室、栽培場、工具等進行消毒，保持周圍環境潔凈。
二是培養料消毒處理，配制培養料時，按其干重加入0.1%的50%可濕性多菌靈，也可使用0.1%的甲基托布津拌料。
三是藥劑防治，當木霉已侵染到料內，要輕輕將其挖掉，然后再噴灑、涂抹800倍液的50%多菌靈可濕性粉劑、200倍液的克霉靈或噴灑10%的石灰水防治。
四是消除污染的菌盤，如果被木霉傳染特別嚴重，不易防治的，可深埋或燒掉菌盤，防木霉菌孢子散發、蔓延。
2.鏈孢霉。鏈孢霉也叫紅色面包霉，這種霉生長特快。發病初期呈白色黏糊狀。在條件適宜時5-10天形成橘黃色面包狀物，嚴重時由接種點或栽培袋破損處長到袋外，形成巨大的橘黃色菌落，碰觸后孢子很容易散發到空氣中。
防治方法：一是做好培養菌盤的生產場地環境衛生，定期進行消毒，不給鏈孢霉滋生和傳播機會。
二是嚴格滅菌、接種，培養料要滅菌徹底，接種人員嚴格進行無菌操作。
三是注意排濕，要注意培養室的通風、排潮，降低室內濕度，必要時還可在培養室內外及菌盤上撒石灰粉降濕。
四是藥劑處理。培養室局部發生鏈孢霉時，最忌用噴霧器等藥械直接向污染處和培養室內噴射殺菌藥物，因為此時表面噴灑用藥效果欠佳，同時也會引起分生孢子擴散，污染環境，造成更嚴重的污染。菇房可用800倍液的霸力進行空間消毒。將出現的鏈孢霉用柴油涂抹，然后用煙霧消毒劑一消靈或百菌清進行室內密閉熏蒸消毒，可控制病菌擴展。
