發菌也稱養菌。發菌的過程就是將接種后的菇木按一定的格式堆放在一起，使菌絲迅速定植，并在適宜的溫度、濕度條件下向菇木內蔓延生長的過程。發菌時，菇木的堆放方法要因地制宜選用。
一般有以下幾種方法：
1、井字形：適于地勢平坦、場地濕度高，菇木含水量偏足的條件采用。首先在地面墊上枕木，將接好種的菇木以井字形堆成約1米高的小堆，堆的上面和四周蓋上樹枝或茅草，防曬、保溫、保濕。
2、橫堆式：菇場濕度、通風等條件中等，可采用橫堆式。堆時先橫放枕木，再在枕木上按同一方向堆放，堆高1米左右，上面或陽面覆蓋茅草。
3、覆瓦式：適于較干燥的菇場。先在地面上橫放一根較粗的枕木，在枕木上斜向縱放4～6根菇木，再在菇木上橫放一根枕木，再斜向縱放4～6根菇木，以此類推，階梯形依次擺放。
除上述3種擺放方法外，還有牌坊式、立木式和三角形擺放方法，各菇場可根據實際情況靈活選用。
