由于食用菌的栽培周期短，因此對食用菌使用農藥，尤其是在出菇期使用農藥，農藥極易殘留在子實體內。在國際市場上對食用菌的衛生要求和檢測越來越嚴格，特別是我國加入ＷＴＯ后，可以預見所謂“綠色貿易壁壘”也越來越成為我國農副產品特別是食用菌出口的嚴重問題。如美國等一些發達國家已明令禁止在食用菌生產上使用多菌靈等藥品，所以要生產無公害、無污染、無殘留的“綠色”食用菌，就要采取綜合措施防治害蟲。
　　一、利用害蟲的習性進行防治
　　１、嘖絲性  菌蚊的幼蟲有吐絲的習性，又群居拉網，一般用絲將菇蕾罩住，很容易發現。另外其蛹有白繭，也容易被看到，對這些害蟲可進行人工捕捉銷毀。
　　２、怕燥性  癭蚊有幼體繁殖的習性（一頭幼蟲可以從體內繁殖２０多頭小幼蟲），但癭蚊蟲體小，怕干燥。可將發生蟲害的菌袋在陽光下暴曬１～２小時，或撒石灰，則蟲多干燥而死，可降低蟲口密度。
　　３、喜水性  跳蟲有喜水的習性，對于發生跳蟲的菇塊可以用水誘集后消滅。
　　４、變色性  有些鱗翅目（如谷蛾和夜蛾類）的幼蟲老熟后身體很大，顏色也較艷麗，在采菇和栽培管理中很容易被發現，可隨時捕捉消滅。　　
　　５、趨化性  ①一些害蟲（如蠅科和螨科）對糖醋液有強烈的趨性。可在菇房中設誘殺盆，用白酒２５克，水２份，紅糖３份，醋３．５份，再加入少量敵百蟲；螨對炒熟的種子香味也有強烈的趨性，可用炒香的粕餅撒在紗布上，當螨聚集于紗布上后，把紗布在濃石灰水里浸沾，螨便被殺死，連續幾次，殺螨效果可達９０％以上。另外，用５７％辛硫磷０．２５克，麥麩１．５～２．５公斤，加適量水，傍晚撒于菇床周圍，可誘殺蟋蟀、螻蛄。
　　二、利用物理方法殺滅害蟲
　　１、黑光燈或粘蟲板誘殺  利用蚊蛾的趨光性可以用黑光燈或節能燈誘殺，方法是在菇房燈光下放誘盆，害蟲落入盆中即被殺死。也可以在強光處掛粘蟲板，粘蟲板上涂４０％的聚丙烯粘膠，有效期可達２個月。
　　２、水浸法防治害蟲  即使蟲體浸于水中造成缺氧和促使原生質與細胞膜分離致死。但必須注意栽培袋（塊）無污染，無雜菌菌塊，經２～３小時浸泡不會散；否則水浸后菌塊就散掉，雖然滅了蟲，但生產效益也會受到損失。方法是：瓶或袋栽培的可將水注入瓶、袋內，塊栽的可將栽培塊浸入水中壓上重物，避免浮起，浸泡２～３小時，幼蟲便會死亡漂浮，浸泡后的瓶、袋瀝干水后即放回原處。
　　３、其它方法  在菇房門口，窗和通氣口安裝６０目紗網，防止成蟲入內；在地道菇房的進出口保持幾十米黑暗，注意隨時關燈，防止成蟲趨光而入 。
　　三、土農藥防治害蟲
　　１、用除蟲菊１公斤，加水２００～３００升噴霧，還有博落回，貓兒眼、青藤根，雷公藤、毛茛、石蒜等均能殺死為害段木的黑光甲。
　　２、用半夏、野大蒜、桃樹葉和柏樹葉搗爛，以１∶１加入水浸漬后取濾液噴施可殺死蚤蠅害蟲。
　　３、用０．１％魚藤精或１∶１５０的除蟲菊噴灑，可殺死跳蟲；另外，也可在菇床上撒一層除蟲菊或煙草粉末，也就防治跳蟲。
　　四、生物防治
　　１、小菌蚊蛹期可被姬蜂寄生，寄生率為５０％以上，要注意保護地利用這種小菌蚊的天敵。
　　２、澳大利亞應用小桿線蟲寄生眼蕈蚊收到很好效果，并研究出了離體培育生產大量這類線蟲的方法，每年產量已超過２０億條線蟲。
　　３、利用蜘蛛（如草間小黑蛛，黃褐新園蛛等）防治田間間作食用菌的菇蠅，小菇蚊等害蟲。
　　五、改進栽培措施
　　１、搞好環境衛生，清除菇房內外垃圾，有條件的可撒些石灰保持菇房周圍干燥，特別是上一年廢料，一定要在種菇前２個月燒毀或深埋。
　　２、菌種培育室應定期熏蒸，制作菌種時，用棉塞塞緊，外面包一層牛皮紙，可以防害蟲侵入；如菌種已發現害蟲，必須經過熏蒸，或低溫冷凍等方法。
　　３、收菇后要認真清潔料面，除掉爛菇根及爛菇并集中深埋。
　　４、對發病嚴重的老栽培室要進行熏蒸，消毒（包括種菇用過的架子、工具等）。方法是每米３容積用８０毫升福爾馬林倒入４０克高錳酸鉀中進行熏蒸，裝高錳酸鉀的容器要深，容積比福爾馬林大１０倍以上；熏蒸時要密閉栽培室，２天后打開門窗通風換氣２４小時再裝菌袋送入。也可用硫磺熏，用量為每米３ ５克，密閉４８小時后，再過２天進料。
　　５、收完３～４茬菇后，及時清除料塊，并遠離菇房高溫堆肥發酵或噴藥，避免害蟲在廢料中繁殖。
　　６、嚴禁新老培養塊同放一個菇房，以免害蟲傳播到新菇塊中。
　　７、覆土材料也要經過高溫或藥劑處理，將害蟲殺死。
　　８、食用菇栽培管理上要避免向菇體直接噴水及溫、濕度過高，以免造成菌絲和菇蕾腐爛，繁殖滋生害蟲。
　　(黑龍江省哈師大呼蘭學院生化系)