食用菌生態學研究食用菌生活習性與其周圍物理環境、化學環境及生物環境之間的相互關系，其目的是為了揭示食用菌的生活習性、種群結構、自然分布與發生規律；食用菌生態學是食用菌學的一個重要分枝學科，對食用菌的馴化、栽培和開發利用具有十分重要的指導作用。食用菌與其它生物一起夠成了其生活的群落，每一種食用菌均生活在一種特定的群落中，受群落內各種因素的影響，而且作為環境的一個重要組成部分，食用菌在其生長發育過程中也必然會對其生活的環境發生影響。食用菌按其生活環境可分為林地真菌（如松茸、塊菌等）、木材腐朽菌（如香菇、金耳、木耳等）、草原蘑菇、田野蘑菇、糞生蘑菇、菌根真菌、蟲生真菌（如蟲草、蟬花等）、沙丘真菌、洞穴真菌幾種類型，但這些類型間有時沒有明顯的界限。了解食用菌的生態類型，有利于野生食用菌的人工馴話和栽培。

按其與其它物種的關系及營養方式，食用菌又可分為共生食用菌、腐生食用菌、寄生食用菌等，其中腐生食用菌在自然界物質循化中占有重要的地位，大多數食用菌為腐生菌。影響食用菌生長發育、傳播繁衍的環境因素有物理因素、化學因素和生物因素三種。理化因素包括溫度、水分、濕度、酸堿度、氧及二氧化碳濃度、光照、營養條件等，生物因素包括食用菌與植物、動物及微生物之間的關系，這些關系或為競爭、或寄生、或中性、或共棲、或共生、或兼而有之。

生態環境對野生食用菌的空間分布格局具有直接的影響。食用菌的分布同地理緯度、海拔高度、地形地貌、植被類型、土壤結構、土壤酸堿度、土壤肥力、土壤微生物等都具有密切的關系。如海拔高度直接影響到食用菌的垂直分布：在海拔2000米以上地區，食用菌的種類和個體都很少。氣候條件雖不如地理環境那樣直接作用于食用菌種群的分布，但能明顯地影響到食用菌的個體發育。在季節性明顯的地區，食用菌的出現有明顯的季相，例如金針菇、側耳、香菇等通常出現于早春及深秋；松乳菇等多出現于初夏和早秋。不同年份雨量和溫度的變化也會造成食用菌發生時間的規律性變化。即使在同一地區，也往往因種類和數量上的變化，出現“大年”或“小年”。