裝好的菌袋可一層層堆積在地面或架子上。氣溫低時，地面應鋪上一層塑料薄膜或麥秸或稻草，以免下層溫度太低，菌絲生長不良，一般堆放10～12層；氣溫高時，堆放2～3層即可，并擺放成品字形垛。夏秋季節（8月下旬至9月下旬）氣溫高時，垛與垛間應留出寬35～40厘米的人行道，單層擺放，以利通風換氣，還要留出一定的空地，以便翻垛用。如果垛溫超過30℃，應及時翻垛降溫；冬季或早春（11月至翌年2月）堆垛發菌時，可利用堆積菌袋的方法發熱保溫，促進菌絲發育。方法：堆積菌袋時，垛與垛間只留少許空隙或不留但也不緊挨，每4垛為一堆（垛長為4米左右），然后用塑料布和草苫蓋好，堆放在半地下式塑料棚、溫室和空屋內均可。另外在棚內或室內應安放一個干濕溫度計，以觀察棚內或室內溫度、相對濕度的變化（溫度應控制在20℃～25℃，相對濕度應控制在60%～70%），及時調控，以利菌絲健壯生長。

翻垛是菌絲培養期間的一項重要工作，一般每5～7天翻一次（上、下、里外翻均勻），以使菌絲受溫一致，發菌整齊。在翻垛時要注意檢查有無雜菌污染，有雜菌污染的可單獨放置或處理，不可亂扔亂放。若發現菌絲不吃料，應查明原因（是培養料含水量過大，還是原料發霉變質，或是室溫太低、菌種老化等），及時采取措施，妥善處理。冬季棚內或室內需生火，要注意通風換氣排出廢氣。