食用菌優質安全生產是食用菌產業可持續發展的重要內容，有利于節約資源，保護環境，提高產品在國際市場的競爭力，提高出口貿易量和價格，增加菇農效益。近年來隨著食用菌種植品種的增加，利用栽培資源種類的拓寬，栽培面積的擴大和栽培地域的擴展，一些產區由于栽培配方的改變，為追求高產添加一些用途機理不明的化學成分，為片面追求省工，采取一些不科學的生產管理措施，加上環境、水質對栽培環境的影響，食用菌栽培受污染的事件時有發生。我國在加入WTO后，許多產品要經受國際市場的嚴格檢驗，國內也要實行食品市場準入制。因此，有必要提出和實施食用菌優質安全生產，提高產品的質量，使產品符合“天然、營養、保健”的新要求。
       食用菌生產栽培管理要把握以下原則：一是確保原材料的安全性，包括作為培養基質的木屑、棉籽殼、麩皮、作物秸稈、覆土材料及各種添加成分的安全性，雜菌污染后的原材料，污染的部分不可重新用于栽培，以防有害成分的積累；二是所選擇栽培場所的環境衛生和水質標準應符合食品生產的環境、水質要求，直接噴灑在菇體上的用水要符合飲用水標準；三是病蟲防治和生產、加工環境治理要貫徹以防為主，決不允許向菇體直接噴灑農藥。不得不使用藥劑時，要選用低毒高效的生物試劑，且使用藥劑的時間，劑量應遵循農藥安全使用標準。空間消毒劑提倡使用紫外線消毒和75%的酒精消毒。
         具體措施要求有以下六條：
         1、栽培場周邊環境選擇。食用菌栽培場應選在遠離可能造成污染的地方，周邊環境符合食品衛生要求，對人體健康無危害，沒有污染源和塵土，在城鎮周邊選擇栽培場，更要注意遠離人口密集的居民點和公路主干道，還要防止城市生活垃圾有害廢氣、廢水及過多的人群活動造成的污染。
          2、地形地貌的選擇。食用菌栽培場的理想場所應選擇在坐北朝南、地勢開闊、水源干凈、栽培資源豐富的地方，有利于空氣的流通和好氣性食用菌生長繁殖；作為綠色食品和有機食品栽培的環境大氣應符合國家《環境空氣質量標》中的一級標準，水質應符合飲用水標準，對于采用覆土栽培的食用菌種類，如雙孢蘑菇、草菇、姬松茸、平菇，除根據各自栽培需要各自的土壤質量要求外，還需要符合國家標準《綠色食品產地環境技術條件》中的《土壤中各項污染物的指標控制要求》。
         3、原材料的選擇。現有人工栽培的食用菌均是腐生菌，采用農林下腳料為主原料配制成培養基進行栽培。選用無公害原料是防止食用菌產品污染的重要基礎環節，對于以木屑為栽培主原料的，應事先進行原料安全性檢測，若農藥殘留超標，可采用浸水、發酵等方法減少殘留含量后使用；以糞草為栽培主原料的，受污染的機會較多，如農藥殘留、重金屬鎘等，應在栽培前對各種原料中相關成分進行必要的測試，選用危害成分含量低的原料為培養基質。在各種食用菌栽培時嚴格按配方用料，配方組成嚴格按NY5099－2002《食用菌栽培基質安全技術要求》標準執行。
        4、原料加工及配制過程的控制。嚴格控制加工環境，不使原料加工過程中受到有害物質的入侵，如在加工粉碎過程中要防止有害油污混入，防止含有芳香樹種木屑混入；培養基各成分應都是安全的原料，嚴格按培養基配方配制，不可隨意加入自認為可增產的成分，如化肥、營養劑等，使用的工具、機械應是安全衛生的用具。
        5、栽培品種和栽培模式的控制。目前可人工栽培的食用菌和藥用菌近50種，還有近百種可馴化為人工栽培的種類。由于其菌絲生長的適宜溫度、濕度、生長速度各有差異，對外界物質分解的速度和同化能力也各有區別，有的品種對某些金屬具有較強的富聚能力，有的品種本身代謝中就有甲醛產生。若對某些成分有特殊要求的產品，應考慮食用菌各品種營養代謝的特性。平菇類較易富聚重金屬，且各品種間這種富聚能力有差別。栽培模式與造成污染的相關性也不可忽視。對于覆土栽培的種類，應控制覆土材料的安全性，脫袋栽培模式在畦栽時也要注意畦上土壤的安全性和浸水時水質的安全性，不脫袋栽培應注意栽培環境和注水的水質安全性。
         6、栽培管理過程的控制。主要是水質質量控制和采收用具的衛生，對直接噴在子實體上面的水質，一定要符合飲用水的標準，對于浸泡菌袋的水質至少要符合禽畜飲用水標準，對于采收用具應符合食品原料衛生要求，包括采收人員衛生健康，特殊種類采收時應戴專用手套等。
          總之，在食用菌生產過程中，應從環境和生產各環節加以重視，嚴格執行NY/T3912－2000《綠色食品產地環境技術條件》和NY-5095～NY-5099的綠色食品《香菇》、《平菇》、《雙孢蘑菇》、《黑木耳》等產品質量標準及《食用菌栽培基質安全技術要求》，使食用菌產品不僅成為無公害食品，而且成為綠色食品、有機食品。