一、蒸餾水法。適用于平菇、金針菇、香菇的苗種。保藏平菇、金針菇菌種，先將八成熟待保藏試管菌種移入接種箱內滅菌后，用注射器從試管栓內注入蒸餾水，將培養基面全部淹沒至管口2厘米為止。管口用礦蠟封閉，常溫下置于陰涼立放可以保藏1~1.5年。 
　　保藏香菇、木耳菌種，用150毫米×15毫米的指型管將培養至七分熟的固體或半固體試管種在接種箱內無菌操作下，放入25毫米×200毫米的大試管內，向大試管內注入蒸餾水至管口1厘米處，封口用橡皮栓包好，并用礦蠟加固密封，置于陰涼處。木耳可保藏7~8個月，香菇可保藏9~12個月。
　　二、尿素暫存法。在避光、干燥通風良好的放置袋裝尿素，將試管菌種主體埋在尿素顆粒中，試管口露在外面，可保藏菌種活力30天之多。此法在恒定低溫環境下即可進行。
　　三、液體石蠟包藏法。選用化學液體石蠟，高壓滅菌后放入40℃恒溫箱中數小時或干燥中數日，用無菌吸管或注射器吸取液體石蠟注入菌種試管。注入量應高出斜面尖端1厘米左右，管口塞上棉塞并用石蠟封好。直立保藏在清潔、干燥、涼爽的低溫處可以保藏5年。
　　四、麩皮保藏法。取一定麩皮加水或營養液后拌勻即可備用。將水麩皮裝入試管經高溫滅菌后拌入菌種，放在適溫下培養，待菌絲體發育好后將試管放入室溫下進行干燥，然后在20℃以下干燥出保藏，可保藏3~5年。
　　五、生理鹽水保藏法。將菌種接入馬鈴薯培養液中，每250ml三角瓶裝60ml培養液，振動培養液或每天搖動5~10次，培養5~7天，然后將形成的菌絲球吸入裝入5ml無菌鹽水的試管中，每管約移入4~5個菌絲球，塞上棉塞，用蠟封好管口。低溫可保藏1年。
　　六、麥粒保藏法。取優質小麥淘洗后浸入20℃水中泡5小時，稍晾干后裝管。裝入量以管長的1/4到1/3為宜。將裝有麥粒的試管滅菌后趁熱搖散，冷卻后接入菌絲體，在適溫下培養至大多數麥粒上出現稀疏菌絲時，終止培養。菌種可置于25℃以下干燥處保藏1~2年。
　　七、冰箱保藏法。將已經長好的試管菌種放于冰箱內，置于保鮮層能保存7個月。菌種不退化。