羊肚菌作為抗逆性相對較弱的食用菌種類，出菇期棚內管理不到位，生長環境不適宜，會增加原基、幼菇損傷甚至死亡的風險，所以要加強日常管護，做到精細化管理。

控制溫度

出菇期羊肚菌原基、幼菇對溫度敏感，棚內溫度應控制20℃以下，畦面溫度控制應在8℃~15℃之間。畦面溫度如低于5℃要閉棚保溫，高于18℃棚頂噴水降溫，切記不可中午高溫時棚內直接噴水降溫，以免造成幼菇死亡、成品菇商品性降低。

適宜光照

出菇期棚內光照過于強烈或者長期無光照，都會導致羊肚菌生長不良甚至無法生長，因此在菇棚上應覆蓋遮陽率90%的遮陽網，為羊肚菌提供適宜的散射光照，促使其正常成熟。

注意通風

出菇期菇棚中要保持的空氣流通，棚內溫度較低兩側通風開小至10厘米左右，高溫兩側通風開大，棚體內部四周要增加地面圍擋，畦面及土壤因通風濕度降低，可以早晚微噴補水3分鐘~5分鐘左右。適時采收當羊肚菌菌帽蜂窩打開，顏色變為深灰色進行采收時輕握菌柄，使用消毒后刀具從菌柄底部1厘米處進行切割。切勿用手直接拔起，采收后的羊肚菌要及時冷藏或烘干處理。