【作者】丑天勝 王威 施樂樂 盧園萍 鄧優錦 謝寶貴
【機構】福建農林大學生命科學學院菌物研究中心
摘要：本研究對金針菇Flammulina velutipes的一個RNAi轉化子菌株1382R3進行了高通量測序,以本實驗室先前獲得的野生型W23基因組數據為參考,分析了該轉化子的基因插入位點以及拷貝數。轉化子菌株1382R3是通過農桿菌介導將fv-hmg1-RNAi載體轉化至金針菇菌株并通過PCR檢測篩選標記而得到。通過BLAST將轉化子測序的reads對外源載體和基因組定位,找到具有基因組序列(GS)和外源載體序列(ES)兩種序列的臨界reads,并據此使用PERL語言程序成功在轉化子1382R3菌株中找到兩個插入位點。對兩個插入位置的序列分析表明:在插入位點1,T-DNA片段部分插入;在插入位點2,T-DNA全部插入到基因組。兩個插入位點都對基因組內源基因的表達造成了一定的干擾。此方法拓寬了高通量測序技術的應用范圍,將其運用到遺傳轉化插入位置和拷貝數的研究中,有利于食用菌的功能基因組及基因工程研究。
基金：國家重點基礎研究發展計劃(2014CB138302)； 國家自然科學基金(31470107)；
關鍵詞：基因組重測序; 農桿菌介導轉化; 金針菇; 高通量測序;