熟料瓶栽金針菇是金針菇工廠化、自動化生產的主要方式。日本和我國臺灣省多采用瓶栽進行金針菇周年生產，容器一般選用廣口瓶或罐頭瓶及用高密度聚乙烯加工的專用生產瓶。我國主要是利用廢棄罐頭瓶作為容器培育金針菇，多在庭院進行小規模生產。
為充分利用空間，瓶栽金針菇通常采用層架勢栽培。層架寬80厘米，層間距50~60厘米，長度不定，一般設置4~5層的床架。床架之間和床架與墻壁之間留60厘米寬走道，以便管理
培養料拌勻后要及時裝瓶，為防止表面培養料失水變干、出菇困難及瓶下部氧氣不足、菌絲生長緩慢，裝瓶時要求下松上緊，裝瓶高度以裝至瓶肩為宜。裝料完畢后，用“L”形鐵條或其他工具把瓶上部料壓緊，表面壓平，后用搗木在瓶子中間打孔，深至瓶底，以便菌絲快速發菌，縮短發菌時間。
最后將瓶口和瓶身的培養料擦凈，并塞好棉塞或蓋上雙層牛皮紙若采用罐頭瓶等口徑大于6厘米以上的容器，為防止培養料中水分蒸發，封口時要用1層薄膜先墊底，上蓋1層牛皮紙或2層報紙封口，薄膜中央挖一直徑3厘米的孔洞或劃1條長5~6厘米的“X”形，以利通風換氣。
瓶子裝好后要及時進行滅菌，滅菌可以采用高壓滅菌法，也可采用常壓滅菌法。高壓滅菌鍋要選用能容納1000~1500瓶的中型或大型蒸汽高壓滅菌鍋。瓶子裝好后封嚴鍋蓋，檢查放氣閥、疏水閥等完好后，關閉排氣閥及安全閥，大火猛燒。
當氣壓上升到0.05兆帕時，打開排氣閥排放冷氣，使氣壓表指針落至“0”，然后關閉排氣閥，旺火猛攻，使氣壓迅速升至0.15兆帕后再用文火，保持恒壓1~1.5小時，滅菌結束后，待壓力降至“0”時，打開高壓鍋蓋，再重新虛開或半開半關，利用鍋內余熱烘干棉塞或牛皮紙。當瓶溫降到70℃時即可出鍋，整個滅菌過程要觀察溫度并不斷加水，以免將鍋燒炸。
常壓滅菌得不管采用直熱式還是蒸汽輸入式都應密閉，裝鍋前應檢查進水管是否漏通、鋼內水是否加足，溫度計、排氣孔等是否符合要求。灶內應設置層架，瓶子整齊地排入層架上，并關好灶門。
打開排氣孔，旺火猛攻，排除爐內冷空氣，1~2小時后關閉爐頂排氣孔，使爐內溫度在4~6小時內達到100℃，然后穩火控溫，使溫度一直保持在100℃以上，持續10~12小時，最后旺火猛攻1個小時，停火后再燜1夜，然后打開灶門，待瓶溫降至70℃時即可搶溫出鍋。
滅菌過程中要堅守崗位。每小時向鍋內補加熱水20千克左右，以防燒干鍋，停火后應繼續加水防底火燒干鍋整個過程要嚴禁掉溫，如果掉溫，要重新計時。滅菌后待瓶溫降至35℃以下時即可將瓶子放入接種箱或接種室進行消毒后搶溫接種。接種一般在接種室中進行。
瓶子入室前2天，按每立方米20~30克用量點燃硫磺熏蒸，接種前將滅過菌的瓶子、消毒液（75%酒精)、接種用具、菌種等移入接種室，一般1次接種400～600瓶，并將工作服、鞋帽等放入緩沖室，然后按每立方米10~15毫升甲醛加5~7克高錳酸鉀或按每立方米4~6克消毒盒點燃密閉熏蒸6~8小時，同時打開紫外燈照射2小時后關掉。甲醛熏蒸的接種前要用25%氨水噴灑，以清除有害氣體。
接種最好在氣溫低時進行。一般3人1組，其中2人接種，1人搬運菌種瓶。接種時先將菌種瓶表面用75%酒精棉球擦凈，然后用消過毒的接種鏟將菌種上部1~2厘米厚的菌種取出不用，再用消過毒的接種器搗取1塊菌種迅速接入瓶子內的孔洞中，并蓋上瓶蓋或塞上棉塞。
接種時原種和待接種瓶口不能脫離無菌火焰區，每接完1瓶菌種，都要對手、工具進行消毒處理，以防相互交叉感染；一般每瓶生產種可接50~60瓶。從開始接種到結束不超過8小時，接種期間動作要輕，速度要快，并嚴禁隨意進出。接種箱消毒接種方法與生產種制作相同，不再另述。
接好種的瓶子要及時移入培養室進行培養。培養室要求保溫、黑暗、干燥通風，溫度控制在22℃左右，空氣相對濕度在70%以下。放入菌瓶前應先在培養室內噴一遍殺蟲藥和殺菌藥液或用硫磺點燃熏蒸消毒后，再撒一遍生石灰粉，然后將接過種的培養瓶移入養菌。
菌絲生長過程中會產生大量熱量，瓶內溫度一般高于室溫2~3℃，因此發菌期間要經常觀察菌溫變化情況，及時采取措施給予調整。7~10天后進行1次嚴格檢查，對污染嚴重和未發菌的瓶子及時進行處理，以后每7天檢查1次檢查時將瓶子上下位置對換，以使發菌整齊一致。
養菌期間，每天通風1~2次，每次20~）分鐘，以保證空氣流通。
菌絲經過3~4周培養后，即可布滿整個瓶子，當菌絲長到瓶底后，就可拔塞進行播菌。搔菌的目的是除掉表面老菌皮和已出過菇的衰老菌絲，使下層營養積累較豐富的潔白菌絲接觸新鮮空氣，以促使其早現蕾、多現蕾。搔菌時使用弧形小鏟將瓶口老菌塊及菌皮平整取出，見到濃白菌絲即可，搔后料面要平整，切忌損傷菌絲。
拔塞搔菌后即進入催蕾階段，此時應將室內溫度降至13~15℃，空氣相對濕度增至85%，同時給予適量的散射光照。催蕾階段一般須進行2次全面補濕，補濕的方法是用噴霧器在瓶口方向向下噴霧，然后用薄膜覆蓋瓶口，每天城動薄膜2一3次，使瓶口內保持有利現密的小氣候環境料面出現琥珀色水珠后為避免爛營就不宜再補濕。對遲遲不現密的瓶子要及時采取補救措施，料面干燥的要將瓶口浸入水中重新補濕催；補濕過多，料面發黑腐爛的應重新搔菌后再催蕾。
金針菇現蕾后要在100勒克斯弱光下培養，待幼菇長出瓶口1厘米后，晚間揭開地膜，對菇體大量噴水，白天蓋上薄膜，促使幼菇健壯生長。一般連續揭蓋2~3天即可，陰雨天可整天露菇。
當菇蓋直徑達0.6~1厘米時就要進行套袋。套袋的目的是提高袋內二氧化碳濃度和保持一定的濕度，為金針菇生長創造一個適宜的小氣候條件，生產出菇柄潔白粗壯、菇蓋小的理想商品菇。套袋可以用紙筒，也可以用塑料筒，在實踐中以塑料袋扎口倒套效果為佳。
倒套塑料袋袋長25厘米，寬14.5厘米，厚0.2毫米，一頭用回形針別住袋口，套袋之后，只要保持空間濕度90%左右，溫度控制在12℃左右，并注意適當通風即可，一般1周后就可采收。倒套塑料袋袋口扎緊，袋內外相對隔開，受外界影響小，袋內濕度及二氧化碳濃度等小環境條件基本適合金針菇的生長，生產出的金針菇產量高、品質優。
金針菇從現蕾至成熟一般需要10~15天，當菇蓋未開、菇柄長至12~20厘米時即可采收。為保證采收質量，一般采收前3天降低相對濕度至80%~85%，使菇體表面干燥。采收時用手將菇柄基部整個抓住，輕輕扭一下拔起，用小刀切除沾有培養基的黑褐色根部，整齊地分裝到大小不同的塑料袋內。采收后要把瓶內散亂的小菇、死菇及腐爛根部清理干凈。一般第一茬菇占總產量的70%左右。
頭茬菇采收后，用鐵耙摟去表層衰老菌絲，然后用直徑2~3毫米粗的鋼針打孔2~3個，孔深至瓶底，再用0.2%的尿素加0.1%的磷酸二氫鉀或百萬分之五十稀土溶液進行補水，補水可用浸水或噴霧等方法，以料吸足水分為止，幾小時后將瓶中積水倒掉，在20~23℃條件下養菌7~10天后進行補濕蓋膜，管理辦法同第一茬菇。一般可采收3次，生物學效率在120%左右。
