食用菌是在出菇季節選擇子實體來培養菌種的。為了不斷地提高菌種的質量，在每批新菌種培養出來之后，必須經過鑒定，主要是鑒定新選出來的菌株生產力是否有所提高，至少也要保持原來的優良性狀。那么，如何對培養出來的食用菌進行鑒定？
從采集到優良的子實體開始，就要將子實體所屬的品種（菌株），采集地點，采集日期和接種日期等用標簽詳細記載清楚，菌株多時，不可混淆。孢子發芽后，應選孢子發芽快，菌絲生長強健，顏色純正和無污染的進行轉接。當母種接入原種瓶后，再選吃料快，粗壯有力和菌絲生長濃密的瓶子進行擴大繁殖。為了盡早知道新菌株的生產力，當培養成原種后，應及時進行生產試驗，以確定該新菌株是繁殖還是淘汰。有條件的可設置重復試驗，取現有的優良品種進行對照。
各種食用菌的鑒定方法不同，但基本都是利用原種做小規模的栽培試驗，然后通過比較鑒定。例如蘑菇是用小木箱，內裝培養料，播種后要求菌絲蔓延快，密度大，分枝能力強，抗逆性強，有壓倒雜菌的優勢。如果播種時穴距16厘米，要求在15~20天內兩穴的菌絲相接。蓋土后要求15-20天內出菇并開始收菇。出菇后再以出菇早而多，肥大美觀，顏色純正，香味濃厚的才算合格。
鑒定培養出來的黑木耳，則是將原種接種在幼齡段木上（徑3~6厘米），短時間菌絲長滿段木，很快出耳。然后選擇出耳早，耳片大，耳肉厚，顏色好和產量高的菌株，才能算是合格的。如果原種瓶內的菌絲長滿后，讓原種瓶暴露在較亮的散射光或直射光中，瓶內便出現子實體原基，出現多的即為好菌種。若進一步打破瓶子（塑料袋種則劃破袋子），子實體原基很快長大，也可觀察到其優劣，進而得到鑒定結果。
草菇是在稻草堆上做播種試驗的，就按栽培的方法堆草播種即可。因其出菇快，只需10余天即能鑒定出好壞來。用棉籽殼做壓塊試驗更快，即用木板做一個木模，長45厘米，寬30厘米，高13厘米，里面鋪棉籽殼做培養料，厚3厘米，含水60%。在其邊緣播原種一周，寬3厘米，這樣共鋪料3層，播種3層，最上一層要全面播種，再用棉籽殼薄薄覆蓋，壓緊，拆去木模。數天后培養料中長滿菌絲，結成菌塊，于是將菌塊豎起來，9天即出菇。選擇菌蕾大，出菇早而多的用于繁殖就可以了。
