一、高溫燒菌。播種期氣溫高，培養料過厚，發酵后料溫未穩定下降等原因，培養料內溫度高于30℃。
防治方法：蘑菇的播種期要避開高溫期，播種時料溫應穩定在25℃以下，播種后發現菌絲因高溫而萎縮，應重新翻堆通風，再調節好培養料的濕度、重新播種。
二、料內有氨氣。建堆時氮肥添加量過多，或氮肥加入過晚（后期翻堆時才加入），菌種播種后，培養料內存在氨氣。
防治方法：培養料添加尿素等化學肥料時，一是要在建堆時加入，二是要適量。發現料內有氨氣，及時打開門窗，并噴2%甲醛液進行翻料，待無氨味后，再重新播種。
三、培養料過干。播種時培養料偏干，若氣候又干燥，曹絲萌發后吃料生長緩慢，細弱無力而萎縮。
防治方法：可采取料面覆蓋一層濕稻草（用0.5%石灰水浸濕），能使菌絲重新萌發吃料。播種遇到干燥天氣，播后3天關閉門窗。采用層播加封面播種法更好。
四、料水分過多。培養料含水量過多，覆土后又遇高溫，或高溫時噴重水，而又沒有及時通風，使菌絲因供氧不足、活力下降而萎縮。
防治方法：堆料時注意控制水分，若翻堆時發現料含水量過高，應攤開略加晾曬再行堆制，發酵好的料含水量以60-65%為宜。后期噴重水引起的苗絲萎縮，進行通風后，菌絲可恢復生長。床面覆土層總厚度不要低于4-4.5厘米。
五、菌種質量差。購種途中菌種受熱，降低了菌絲活力；菌種沒能及時使用，菌種老化，生長勢變弱，播種后再遇不良環境，都會導致苗絲萎縮。
防治方法：選擇適宜的培養料培育菌種，菌種應菌絲粗壯、萌發力強；購種時避開高溫天；不用老化的菌種播種。
六、蟲害。主要害蟲是螨類，前期出現肉眼不易看到，主要危害菌絲，使菌絲斷裂而萎縮，在堆肥和覆土中都能帶入害蟲，會造成嚴重危害。
防治方法：螨類的產生與培養料、覆土、菌種等都有關，故要進行綜合防治。做好培養料的后發酵，覆土要進行殺蟲處理，菌種在播種前1天用敵敵畏熏蒸等。另外，在播種前向料內撒保菇粉能起到有效的防治作用。在栽培中發現螨，及早用藥劑防治。
