通過加強對食用菌栽培的綜合管理，創造適應食用菌生長而不利于病蟲雜菌繁殖的環境是生產無公害食用菌的關鍵。
1、搞好環境衛生：制種和操作人員必須建立起正常的清潔衛生制度，不斷清除污物并加以藥劑消毒。菇房、用具及室內一切設備，要經常清洗和消毒；進出菇房注意鞋底及衣著整潔，最好能及時更換。
2、消毒方式的選擇：優先采用高壓蒸氣滅菌法、常壓間歇滅菌法和巴氏滅菌法及紫外線燈滅菌法等物理手段消毒。化學消毒優先使用堿類、酚類藥物。避免使用重金屬鹽類等消毒劑。
3、處理好原料：食用菌培養料一定要避免受潮霉變或滋生害蟲；木屑、草料、馬糞等的堆藏，下面要墊塑料薄膜或由毛氈防潮，上面要遮蓋好以防雨淋或雜物落入；米糠、麩皮、餅料等易生霉菌，應密閉貯藏；培養料要經高溫消毒或發酵腐熟，培養料運進菇房后，要進行后發酵：覆土材料必須經蒸氣或福爾馬林消毒。
4、調整用水量和酸堿度：培養基的水分要適當。酸堿度要適宜，并隨時檢測、調整。菇房要經常保持良好通風，空氣相對濕度不宜超過95%。
5、妥善保護培養基：出鍋的料瓶或滅過菌的培養基應加以保護，防止二次污染；要加蓋紗布或薄膜，入箱熏蒸還要用新潔爾滅等藥水擦洗，防止污染。
6、嚴格執行接種操作規程：接種工作技術性很強，一定要耐心細致，切忌碰擦粘帶；對一切用具及容器，能洗的要洗干凈，能熏蒸的要熏蒸。能擦酒精的要擦酒精，能用酒精燈火焰燒的要用火焰燒；對大量的栽培種可以二人協作接種，把好火焰封鎖關，一人持料瓶，一人專接種，不離燈火口，配合準確。
7、采用人工物理方法防治病蟲害：如用黑光燈誘殺菇蠅、菇蚊等；培養料充分發酵（60℃，2～4小時）殺死線蟲和瘓蚊；剔去腐變部位，用石灰水消毒。改善環境，調整溫度（如降低溫度防治胡桃內狀菌）、濕度（如降低濕度防治鏈孢霉菌）、 PH值（如降低pH值防治白霉菌等）。
8、嚴禁使用劇毒農藥：不使用有機汞制劑或有機磷制劑及殘存時間長、又不易分解及有刺激性臭味的農藥。優先使用植物殺蟲劑，如除蟲菊、魚藤、煙草浸出液及微生物殺蟲劑，如蘇云金桿菌和白僵菌等。
