進入秋季，食用菌生產中的蟲害仍是一大威脅，甚至較夏季有過之而無不及，尤其進入深秋季節，溫差的拉大，使得原在菇棚外的害蟲紛紛進棚為害，更加劇了防治的難度。諸如菇蚊、菇蠅、跳蟲等，看似很微不足道的害蟲，卻能在很短的時間內給生產造成難以挽回的損失。
尤其是螻蛄、蠼螋、馬陸、蝸牛等害蟲，體型較大，危害性更大。實際生產中，不少菇農不注意預防害蟲，而一旦發生蟲害后，使用大量化學藥物以求快速殺滅，結果往往難盡如人意。要對蟲害進行有效防治，必須堅持“防則下工夫、殺則需徹底”的防、治結合原則。具體方法歸結起來主要有三點：
物理預防:
1.修建菇棚應離開村莊、廄廁、垃圾場、糞堆等地，使出菇環境遠離蟲源。
2.原輔材料經強日光暴曬，避免攜帶蟲卵或活蟲。
3.原料中有活蟲或蟲卵，不要直接進行生料播種，起碼要發酵處理后再用，最好采取熟料栽培或用于制種。
4.嚴格檢查菌種是否帶蟲，對購進的菌種在轉接前應仔細檢查，防止出現帶蟲接種現象。
5.菇棚通風口及進出口等封裝防蟲網，防治成蟲飛入。
6.在通風口及進出口撒布石灰隔離帶，以防爬蟲類害蟲進入。
藥物預防:
1.拌料時加入辛硫磷等藥物，用量一般為每1000公斤干料用藥100毫升左右，生料栽培時隨拌料加入即可，發酵料栽培的最佳用藥時機為最后一次翻堆前加入，經高溫和悶堆，殺蟲效果很理想。
2.棚外一定距離內，在清理廢料后，可使用高效殺蟲藥物如敵百蟲等藥物予以殺蟲，切斷害蟲來路。
3.棚外及棚室通風口、進出口，使用氯氰菊酯類高效低殘留藥物予以噴灑，以防爬蟲類進棚。
4.菇棚內一般可噴灑氯氰菊酯等藥物殺蟲，使用阿維菌素殺滅螨蟲，對菇蚊、菇蠅類害蟲，有條件的可使用高效驅蟲靈進行驅避，該藥物的作用機理是：利用菇蚊、菇蠅類成蟲不喜歡的藥物氣味對其進行驅避，成蟲不敢入棚，更無法進料產卵，成蟲被驅避后，形成為害的幼蟲便無機可乘。該氣味可使菇蚊、菇蠅躲之猶恐不及，即使偶有進棚蟲，也會因氣味難聞而快速逃離，無法形成為害。
藥物殺蟲:
菌種中有活蟲或蟲卵時，可將菌種裝入大塑料袋(寬幅雙層棚膜，一頭扎口即成)中，按照每立方米空間4片的用量投入磷化鋁，6小時左右即可解袋使用。
發菌期間，不慎發生蟲害，可將地面灑水，菌袋集中(注意溫度，以防燒菌)排放后上覆塑料膜，膜下投放磷化鋁藥物，用量同上，但要注意投放均勻、密閉塑料膜，6小時左右去除膜后，即可正常管理。
出菇期間發現害蟲，如果是預防不嚴進入的“漏網之蟲”，對成蟲可適量噴灑菊酯類藥物，菇蚊類成蟲極不耐藥，按蔬菜用量的最低濃度即可;如已發現幼蟲，則可根據上述使用磷化鋁進行殺滅，但應將子實體采掉，對于幼蕾，可帶蕾用藥，一般初發蟲害，4～6小時即可全部殺滅。
