隨著食用菌產業的發展，食用菌種植面積迅速擴大，食用菌栽培后產生了大量的菌渣。有些菇農把菌渣隨意丟棄在水溝里、路面上，不僅造成資源浪費，環境污染，而且下次種菇時更容易感染病蟲害，危害食用菌的正常生長。甚至有些工廠化生產的企業為了使菌渣賣出更好的價格，把菌渣長時間堆起來，不僅污染環境，還會滋生病蟲害并很快傳播，在食用菌的生長和菌種的培養過程中易感染病蟲害，制作出的菌產品質量也會受到影響，危害廣泛且嚴重。因此如不及時處理，不僅造成資源浪費，還會滋生病蟲害，并且在下輪栽培中病蟲害會卷土重來，威脅產業發展，污染環境。菌渣中蛋白質含量較食用菌栽培原料提高，糖類、有機酸類、酶類和生物活性物質含量豐富，是綜合利用的優良基質。因此，菌渣的綜合利用不僅可以保護環境，還能大大節約成本，帶來一定的經濟效益。

　　菌渣的綜合利用主要有以下幾個方面：              

　　第一、用作二次種菇的培養料，食用菌菌渣用作再生產配料可以節省成本，提高產量，值得大力推廣。但是要合理選擇二次栽培菌種，以充分利用培養料中的營養物質；其次要進行嚴格滅菌，以免造成二次污染。例如有些地方用金針菇或杏鮑菇的菌渣種植草菇，獲得良好的效益。

　　第二、用作生態修復材料。將菌渣還田可改良土壤的理化性質和生物性狀，提高土壤肥力，起到培肥土壤的作用。合理的施用菌渣能夠逐步消除化肥污染，降低硝酸鹽含量，改良土壤、抗板結，對今后發展綠色農業具有較重要的社會意義。

　　第三、用作有機肥料。菌絲在生產過程中分泌的一些生物活性物質，能夠分解復雜的有機物，抑制部分土傳性病害，對有害菌繁殖有較好的抑制作用，能夠有效地控制和減輕地上病害和土傳病害的發生，減輕危害程度，促進植物生長。例如有些地方把菌渣混入土壤中然后種植蔬菜，蔬菜長勢良好。

　　第四、用作養殖場的發酵床墊料。食用菌菌渣用做發酵床墊料，既可降低成本又能促進菌渣的循環利用。

　　第五、用作園藝作物的栽培基質。將菌渣用于園藝作物的栽培和育苗，不僅可以提高菌渣的綜合利用價值，還能提高作物品質及產量。

　　第六、用作燃料。將食用菌菌渣風干，可直接用作食用菌菌袋滅菌或菇棚升溫時的燃料，也可將其壓制成煤渣，或用作發酵底物來生產沼氣，用作生活燃料。

　　第七、用于獲取生物活性物質。菌渣中含有許多代謝產物，如肌酸、三萜皂苷、植物甾醇等生物活性物質，提高抗病能力，部分能抑制有害菌的生長。

第八、用作畜禽飼料。在飼料中添加菌渣可提高畜禽抗病力，且有調節畜禽代謝機能及促進其生理功能的作用。

　　菌渣綜合利用的方式有很多，目前對菌渣的利用正在向肥料化、基質化、飼養化、能源化、二次種菇等多種模式發展。建立食用菌產業鏈關鍵環節接口技術體系和“菌林”、“菌菜”、“菌畜”、“菌沼”等循環農業模式，集成有關技術標準，在生產鏈條中多級利用，有利于實現生態農業循環經濟，增加產業效益。