雜菌早期切除
進入發酵室3日內，如發現個別菌袋表面出現點狀霉點，屬未形成孢子的輕度污染，可按照無菌操作規程，左手持菌袋倒置，右手持切除工具（直徑1～1.5厘米，長25厘米左右的薄鐵管，事先燒灼殺菌），打開菌袋用薄鐵管對準污染切割，霉菌即順管內排出，然后將菌袋封妥繼續培養，成功率可達90%左右。
重新殺菌再利用
1、進入發酵室5天內，其他管理正常，如果發現70%以上的菌袋，種塊不萌動，也沒有雜菌污染。屬殺菌時間短，應立即全部回鍋重新殺菌后再利用。
2、進入發酵室7日內，如果發現霉菌污染數量超過1/3，不論是何原因，必須挑出污染部分，重新殺菌再利用。
3、進入發酵室10天后，如發現菌絲吃料特別慢或停止生長，如果原料沒有問題，就是袋內缺氧造成，要清除殘菌、補充新料，重新雜菌再利用，并改進封口措施。
保本利用
發菌晚期，發現雜菌嚴重污染，對好菌部分超過該袋的2/5者或好菌已占優勢者，可選出繼續培養作為出耳用，經驗證明：千般情況下可收回成本。
改種元蘑
平時挑出的少量污染不能及時處理，可放在低溫處集中起來，到黑木耳發菌全部結束后，再將污染袋補充少量新料，重新殺菌后改種元蘑，實踐證明：不但污染率低，出菇能比新料種的提前7天左右。
