（1）白腐病：病原菌為草疣孢霉菌，該菌危害子實體，菇體污染后，引起饋爛，產生腐敗臭味。
（2）褐斑病：病原菌為菌生輪枝霉，其孢子侵染平菇子實體后，先在菌蓋上形成褐色班點，逐漸擴大并產生灰白色凹陷，菇體受害后，變成畸形，菇柄腫大或呈彎曲狀，但不腐爛，最后干枯死亡。
（3）毛霉軟腐病：病原菌為毛霉菌。一般發生于子實體充分成熟后未及時采收，而菇房又處于高溫濕條件或床面較長時間有積水的環境下，發病的子實體呈淡黃色或淺褐色的水漬狀軟腐，一般從菌柄基部開始產生，最后導致整個子實體呈水漬狀軟腐，表面粘滑，無腐臭氣味。
（4）平菇畸形病：它屬于生理性病害。在通氣不良、二氧碳濃度大或光照不足的情況下發生，子實體分化后發育不良，常出現菇腳長，菌蓋小甚至無菌蓋，或出現“V”形菇。其次也有病毒引起的畸形，其菌柄腫脹呈近球形式燒瓶形，最后菇體萎縮，呈海綿狀，出現死亡。
（5）幼菇萎縮干枯病：為生理性缺水和空氣相對濕 過低引起。幼菇生長瘦弱，從頂向下萎縮枯死，子實體呈皺干癟狀。
