木腐菌是指生活在枯枝朽木上的一類大型真菌，我們常用的有平菇、金針菇、香菇、白靈菇、木耳、等，以下是在生產中常見的幾個問題及防治方法。
　　一、菌絲滿袋后遲遲不出菇
　　菌袋菌絲生長旺盛，滿袋后遲遲不出菇，經2-3個月仍不現蕾。
　　主要原因及解決方法：
　　1、料的碳氮比不適宜，氮素過多，碳素不足，導致營養過旺，菌絲徒長，甚至濃密成一團，結成菌皮，而使生殖生長受到抑制，推遲出菇。對于麩皮、豆餅、玉米粉等含有豐富的氮素，添加時應掌握適量，嚴格按栽配料配方進行配制；
　　2、菌絲長滿后，在溫度較高、空氣濕度較低的情況下，過早地打開袋口，表面形成一層干燥的后菌膜，使菌蕾不能分化。遇此情況，可用鐵絲在菌袋兩端戳一個洞，再用小釘耙扒去表面干菌膜，將菌袋浸入25℃以下水中8-12小時，待吸足水分后重新排放架上，給與通風、光照和溫差刺激，增加空氣濕度，就會很快出菇。
　　二、菌絲未長滿袋即會出菇
　　栽培種常遇上菌絲只生長了1/3或2/3時，就出現菌蕾。
　　主要原因：
　　1.菌絲培養階段環境條件不適應，如培養料過干過濕，裝袋時壓得太緊，培養基內營養成分差，光線過強，溫差較大，酸堿度不適宜；　
　　2.或因菌齡太老，菌絲生活力減退。
　　解決方法：
　　1）創造適宜菌絲生長發育的最佳條件，包括配料、含水量、酸堿度、溫度、光照等，都要適合食用菌營養生長的需要；
　　2）選擇優質、生活力強的菌種。
　　三、部分料袋只在一端生長菌絲
　　在一個料袋的兩端接入同一菌種，往往只有一端菌絲生長良好，另一端則菌絲萎縮死亡。
　　主要原因：
　　1.滅菌灶建造不合理，冷凝水不能沿灶壁回流入鍋，而有一部分不規則地流入袋口內，使此端培養料吸水太多，抑制了菌絲的生長；
　　2.料袋緊靠鍋壁排放，鍋裝水太多，互相間空隙太少，使蒸汽循環受阻，冷凝水從灶壁流入袋口，造成此端培養料過濕，影響菌絲生長；
　　3.段袋口扎得過緊，氧氣不足，也會使菌絲生長受阻。
　　解決方法：
　　1）灶頂建成圓拱形，使冷凝水能從灶壁回流鍋內，料袋排放應與灶壁間有一定距離，以免進水。
　　2）料袋不要排得過擠，以加速水蒸氣循環，提高滅菌效果。用橡皮筋或繩扎口的料袋，菌絲定植后要把口松開一些，以增加通氣量，避免缺氧而造成菌絲死亡。
　　四、菌袋中間出現大量菇蕾
　　有的菌袋在菇蕾分化期，料袋周圍壁內出現大量菇蕾，由于菌蕾受到薄膜袋的擠壓不可能長成菌菇，造成營養流失而影響產量。
　　主要原因：
　　1.裝料不緊實，料與袋之間有空隙，滅菌時壓力過大，漲破料袋或使料袋鼓起；裝料或搬運中料袋刺破；
　　2.菌絲生長階段培養環境不適，如溫差過大、光照過強、空氣濕度較高等，均會促使料袋中部產生子實體原基。
　　解決方法：
　　1）裝料要邊裝邊壓實，外緊內松，料與袋壁緊密接觸、不留空隙；
　　2）裝料搬料要小心，避免料袋破損，蒸料后要緩緩放氣；
　　3）培養室應進行避光，保持溫度恒定，相對濕度維持在70﹪左右；
　　4）菌種培養室和出菇場地要分開。
　　五、袋栽會出現燒菌現象
　　燒菌是菌袋內菌絲生長環境的溫度過高，超過了菌絲生活力范圍而造成菌絲死亡現象。大部分的食用菌菌絲生長階段，當培養料內溫度超過35℃時，菌絲生命力將出現減退，超過40℃時就會燒菌。為避免發生燒菌現象，栽培中一定要控制料溫不超過35℃。若溫度較高，應采取降溫措施，打開門窗進行通風、在地面灑冷水。