平菇在菌絲體生長階段管理措施主要有：環境條件的控制、定期翻堆和檢查雜菌等，如果管理不到位就會出現許多問題，對平菇的產量和品質造成很大影響，現就容易出現的問題及其解決方法簡介如下：
　　一、培養料酸敗發臭。　
　　1、原因。
　　（1）拌料加水過多，產生嫌氣發酵；
　　（2）培養料帶大批雜菌；
　　（3）培養料發酵處理不徹底，或氮素過多與石灰反應天生氨氣。
　　（4）堆溫過高，菌絲生長不良，雜菌趁機大批繁殖；　
　　2、 防治措施。
　　培養料應新穎，應用前充分腐熟或高溫殺菌，并調節好含水量和酸堿度，同時參加多菌靈等殺菌劑，如備料時發明培養料有酸臭味，要及時翻倒晾曬，曬干后重新調節含水量及pH值，氨味過重的可加2%明礬水拌勻除臭，已經發黑腐爛的不能應用。　 
　　二、播種后菌絲不吃料，不發菌。
　　1、原因是：
　　（1）培養料含水量不當或接種后透風過大；；
　　（2）菌種太老，生活力差；
　　（3）培養料變質，雜菌大批繁殖;
　　（4）應用農藥過量；
　　（5）pH值不合適;
　　（6）接種后環境溫渡過低或過高。
　　2、 防治措施。
　　（1）培養料含水量節制在60%-65%（手緊握指縫有水滲出，但不成股流下），播后如料溫達30℃時應加強透風以降溫；
　　（2）菌種質量要有保證，大批種植前要做發菌實驗，以檢驗菌種質量；
　　（3）配料時可在培養料中參加一些殺菌劑以克制雜菌生長，常用的有多菌靈，應用濃度節制在0.10%-0.15%；
　　（4）培養料不能霉爛變質，應用前應在陽光下曬1-2天，生料生產的要堆積發酵2-3天，熟料生產的要嚴格滅菌；
　　（5）接種量應為培養料干重的10%-12%較合適，不能過少；
　　（6）接種后環境溫度控在25℃左右為宜；
　　（7）將培養料pH值調節到7.5左右。
　　三、發菌未滿就出菇。　
　　1、原因。
　　（1）在菌袋中部產生該現象是由于裝料不緊，留有空隙加之見光，就會產生子實體。
　　（2）菌絲培養期見光過多；
　　（3）菌種過老。　　
　　2、防治措施。
　　（1）保證菌種質量，最好先做發菌實驗；
　　（2）在接種后25-30天內盡量少見光；
　　（3）裝袋時利用木棒壓緊。 
　　四、燒菌。
　　1、 原因。
　　（1）培養場合溫渡過高或透風不夠；
　　（2）菌袋堆疊太高太密，沒及時翻倒；
　　（3）生料栽培中菌袋較大，且堆疊過高，或床栽時展料過厚。
　　2、防治措施。
　　（1）菌袋一般長40-55厘米，寬15-20厘米，薄膜厚度為4-5微米，最好用聚乙烯袋（常壓殺菌）或聚丙烯袋（高壓殺菌），不要過大，袋兩頭啟齒，以利透風；
　　（2）菌袋栽培接種后氣溫偏高時要先將菌袋疏松豎立放置，切忌大堆密集，防止燒壞菌種，待袋溫穩固時，再堆成4-7層的墻狀；
　　（3）床栽時展料厚度10-12厘米為宜，不要過厚；
　　（4）注意觀察料溫柔環境溫度，及時透風降溫。