在平菇、雙孢菇、金針菇等多種食用菌子實體和菌絲中都有很多蛆形幼蟲，危害其生長，這些蛆形幼蟲統稱為"菌蛆"。較常見的有4個種，即茹蚋、癭蠅、茹蠅、糞蠅等。它們的幼蟲-蛆，肉眼看來在形態上差不多，而成蟲也只有蚋和蠅有明顯差異。癭蠅、茹蠅、糞蠅的形態以至生活習性都很相似，所以經常被誤認為只有一種，都叫"菌蠅"。菌蛆主要是來自牛糞或豬糞，牛糞、豬糞在夏秋季收集攤曬過程中，蠅類在上面爬行產卵。這些材料在堆制發酵時，其中的蟲卵未被全部殺死，就隨著培養料帶入茹房。現將其防治方法介紹如下：
　　1．在茹床上沒有長子實體時，用敵百蟲1000倍液噴灑，可殺死成蟲和暴露在土層表面的幼蟲。要每隔2天噴灑一次，連續噴3~4次。
　　2．成蟲有趨光性，可采用黑光燈誘殺。
　　3．堆制培養料時，盡量使堆溫升高，并在翻堆時，邊翻料，邊噴。重新建堆后，用塑料薄膜覆蓋嚴密，熏悶2天后揭開，這樣可以殺死堆中大部分的蟲體和蟲卵。
　　4．利用一些土農藥，如煙桿、番茄莖葉、桉樹葉、苦楝葉、黃花蒿、蓖麻葉等，混入堆肥材料中進行堆制，可以殺死幼蟲或減少幼蟲孽生。
　　5．蘇云桿菌、殺螟桿菌、白僵菌等，對防治幼蠅類都有很好效果。芽孢桿菌對蠅類昆蟲有很強的致病力，可殺死幼蟲和蛹，而對人畜無害。牲畜吃下帶有芽孢桿菌的飼料，排出的糞便也帶菌，蠅類幼蟲就無法孽生。
　　6．培養料一定要進行"二次發酵"。