蘑菇培養料經過15~18天的前發酵后，移入菇房進行后發酵，后發酵的技術關鍵在于溫度的控制。可分三個階段進行：即升溫期、持溫期、后降溫期。
1、升溫期＜巴氏消毒期＞從 45℃ 開始加溫至58 -62℃ 進行巴氏德消毒。料偏生的保持6-8小時，料偏熟的保持2-4小時，通過巴氏德消毒，消除和減少了前發酵未殺死的有害雜菌和蟲害及蟲卵等。
2、持溫期(控溫發酵期)：此期是二次后發酵的主要階段 ，其目 的就是為喜溫細菌，放線菌，喜溫霉菌等 創造適宜的環境條件，掌握它們的活動規律，促使它們的活動大量繁殖和活躍地活動。此階段 如料偏生，應維持在4-7天，偏 熟的料應掌握在2-4天。
3、降溫期：即后發酵后期：經第二期持溫后、視料的生熟度及各種有益微生物繁殖度而開始降溫，待溫度降至 45℃ 時，要開放門窗通風。降至料 30℃ 以下，促使這些有益微生物停止生長，形成被 蘑菇吸收利用的最佳菌體蛋白。
后發酵應注意的事項：
1、加溫期間應定時通風換氣，保持室內好氧狀態：每隔3-4小時必須通風換氣一次，每次4-5分鐘，適時添火源。
2、含水量要偏高，進行后發酵的培養料進房時，含水量應比播種時培養料的含水量高10-15%即在70-75%，如含水量不夠，應于后發酵點火前噴PH值為8-9的石灰澄清液調節至以上要求。
3、防止升溫、降溫過快：在后發酵期間，升降溫若過快，則會縮短微生物活動的誘導期，妨礙了料內氨的利用和散發及不能有效地殺滅耐溫性雜菌孢子。
4、合理調節室溫和料溫的變化；室溫和料溫的升和降要相互兼顧，若只顧料溫不顧室溫，菇房不能達到有效消毒。
5、縮小溫差 ：室內后發酵時，床架的下層溫度偏低，上層溫度過高。因此，上下兩層在后發酵時最好不要放料，以防溫度懸殊而使后發酵失效。
6、注意安全：后發酵期間要防止 煤氣中毒，室息、火災及塌架等。
