一、短期貯存法
1.清水浸泡法:將采收的金針菇以每把1公斤扎成小把，浸沒在符合飲用水衛生標準的清水中。可保鮮1-2天。
2.鹽水浸泡法:鮮菇用0.5%—l%的食盆水浸泡15-30分鐘，撈起，瀝干，用無毒塑料袋密封包裝。可保鮮3-5天。
3.藥劑處理法:金針菇漂洗后用0.1%—0.25%焦亞硫酸鈉溶液浸泡10—20分鐘，撈起，瀝干，用塑料袋密封包裝。在室溫下可貯存6—10天(食用或深加工時，用清水或濃度0.05x10（-6）的檸檬酸溶液將菇體漂洗干凈)。
二、長期貯存法
1.腌制。利用食鹽或食糖的高滲透壓，殺滅腐敗微生物。腌制又稱為鹽漬或糖漬，方法如下：
(1)鹽漬金針菇
將金針菇清洗、去根除雜后，按上法用食鹽水或焦亞硫酸鈉溶液處理。然后煮制10—15分鐘。再用12波美度的食鹽水腌3—6天。倒缸后用25波美度食鹽水腌2—3天即可。這種方法可基本保持金針菇原有的色、香、味和營養成分。
(2)糖漬金針菇
將金針菇清洗、去根除雜后，用0.5%氯化鈣和0.1%焦亞硫酸鈉浸泡20—30分鐘。接著在40%糖液中煮10—15分鐘，冷浸6—10小時。再在65%—68%的糖液中煮10—15分鐘井冷卻24小時。干燥后粘上糖粉，用食品塑料袋密封包裝，即為金針菇蜜餞。
2.干制。分為自然干制和人工干制兩種。
(1)自然干制法。將菇體洗凈，上蒸籠蒸10—15分鐘。以2—3厘米厚度攤放在竹篩或席子上曬至含水量12%以下。翻動時要順次輕拿輕放，以免折斷菇體。
（2）人工干制法。以采用遠紅外線和微波干燥法為宜。其產品外觀、營養成分都優于傳統的烘房、烘箱干燥法。干燥溫度不要超過70℃。干品含水量應在12%以下，并用無毒塑料袋包裝密封。
3.罐制。金針菇清洗、去根除雜后，用98℃熱水漂燙5—8分鐘。然后用2.5%食鹽水和0.05%檸檬酸混和液裝罐，經排氣密封，殺菌，冷卻后即為成品。
