食用菌菌絲繁殖快、易變異，菌種保藏難度較大。現介紹幾種效果很好且簡單易行的菌種保藏法：
1.液體石蠟保藏法：選用化學液體石蠟，高壓滅菌后放入40℃的恒溫箱中數小時或干燥器中數日，用無菌吸管或注射器吸取液體石蠟，注入菌種試管。注入量應高出斜面尖端1厘米左右，塞上棉塞，用蠟封好，直立保藏在低溫處，可保藏5年。
2.麩皮保藏法：稱取一定量的麩皮加水或營養液后拌勻。將水、麩皮裝入試管，高壓滅菌后接入菌種，放在適溫下培養。菌絲體發育好后，將試管放入干燥室進行干燥。干燥后放在20℃以下的干燥處保藏，可保藏3～5年。
3.生理鹽水保藏法：將菌種接入馬鈴薯培養液中，每250毫升三角瓶裝60毫升培養液，振蕩培養或每天搖動5～10次，培養5～7天。然后將形成的菌絲球移入裝有5毫升無菌生理鹽水的試管中，每管移入4～5個菌絲球，塞上棉塞，用蠟封好管口，置低溫下可保藏1年。
4.麥粒保藏法：取優質小麥，淘洗后浸入20℃水中泡5小時，稍加晾干后裝入試管，裝入量以管長的1/4到1/3為宜。滅菌后趁熱搖散，冷卻后接入菌絲體，適溫培養至大多數麥粒上出現稀疏菌絲時終止。置于25℃以下干燥處可保藏1～2年。
