1、持續高溫。在出菇前期，菇棚溫度達到20℃以上，致使菇床水分蒸發和菇體新陳代謝加快，水分及營養供應不上，再加上通氣不良等，可導致小菇蕾因缺乏營養和水分而枯萎死亡。

出菇期應密切注意天氣變化，根據氣溫調控棚溫，加溫通風換氣，嚴防棚內出現高溫。

2、通風不良。菇棚長期通風不良，氧氣不足，二氧化碳濃度過大(大于0.1%)，子實體發育的代謝熱不能迅速排除，從而影響子實體的正常發育，造成部分幼菇死亡。如再遇高溫，死菇就更為嚴重。

注意通風換氣，每天2~3次，氣溫高時應在早晚或夜間進行通風。

3、營養不足。(1)培養料中草料多而糞料少，致使氮源不足，碳氮比失去平衡，造成營養不足而死菇。(2)薄料廣種，培養料厚度不足10厘米，在出菇后期會因營養不足而造成死菇。(3)培養料堆制過熟或不足。堆制時間過長、溫度過高(70℃以上)消耗養分;堆制時間不足、料溫未達到60℃，培養料得不到充分分解轉化，均可造成營養不足而死菇。

在配制培養料時，要嚴格按要求進行準備，使碳氮比達到28~30:1，并認真做好培養料的堆制。

4、噴水不當。覆土層沒有及時補水;出菇水或保菇水噴施過量;高溫噴水過多，菇棚濕度達95%以上，氧氣不足，均可使菇蕾死亡。

出菇階段，白色子實體米粒大小時，噴水一定要輕，量要少，霧滴要細，嚴防滲入料內。當子實體長到黃豆大小時，稍微加大噴水量和噴水次數。每次噴水后應立即進行室內風循環，避免噴施關門水。

5、出菇過密且部位過高。第一、二潮菇出菇過密，在采菇時由于震動或機械損傷，會使部分小菇死亡。出菇前若菌絲生長太快，易形成高位菇，在土表形成過密的子實體，由于營養不良和噴水的沖擊，也會使部分小菇死亡。

覆土后應調控溫度，保持土層適宜濕度，促進菌絲向覆土層生長，并使其由營養生長轉向生殖生長，子實體形成部位在粗土層與細土層之間，防止過低或過高。

6、菌絲老化。菌種繁殖代數過多或菌種制作溫度過高、保存不當和保存時間過長，均可造成菌絲退化衰老，生活力下降，菌絲體內養分積累不足而導致菇蕾萎縮死亡。

應選擇優質菌種，創造適宜菌絲生長發育條件，室內清潔衛生、空氣新鮮，及時淘汰被污染的菌種，嚴防高溫培養，菌種不宜長時間保存。

7、酸堿度不適。菌絲生長適宜PH值為6.0~8.0。在出菇期間，覆土層和施用水的PH值在5.0以下、9.0以上都會造成菇蕾死亡。

培制培養料和覆土應按要求進行，噴射時應先測試培養料和覆土的酸堿度，根據測試結果確定噴水的酸堿度，防止過高或過低。

8、病蟲為害。常見病害有銹斑病、干腐病，蟲害有紅蜘蛛、糞蠅等，在生產上要區別對待因病蟲害而引起的死菇現象。防止病蟲害過量施用農藥也會造成死菇。

在管理上堅持"以防為主，藥劑為輔"的綜合防治原則，徹底清除菇棚存在的病源和蟲源，防止病蟲隨培養料帶進菇床，消滅覆土內的病原菌及線蟲等，創造適宜蘑菇生長的環境條件，避免病蟲害發生。病蟲害發生后要及時清除病菇、死菇，并采取藥物進行防止，以防擴大蔓延。