黑木耳上不提倡使用藥劑，尤其是在出耳期，栽培周期短，且直接食用，農藥極易殘留在子實體內。在栽培過程中，必須使用農藥時應注意：

　　1、嚴禁使用劇毒農藥，對殘效期長，不易分解及有刺激性氣味的農藥，不能直接用于菌床或菌袋上；根據農業部、衛生部有關通知規定在蔬菜、果樹、煙葉、茶葉等作物和食用菌上禁用的高毒高殘留化學農藥品種有甲胺磷、殺蟲脒、呋喃丹、氧化樂果、六六六、滴滴涕、甲基1605、1059、蘇化203、3911、久效磷、磷胺、磷化鋅、磷化鋁、氰化物、氟乙銑銨、砒霜、潰瘍凈、氯化鈷、六氯酚、4901、氯丹、毒殺酚、西力生和一切汞制劑等。

　　2、盡量選用高效、低毒、低殘留、對人畜和食用菌無害的藥劑，并掌握適當的濃度，適期進行防治。

　　出耳后每3天噴一次1 %石灰水，有良好的防霉作用。一旦發生木霉為害，要立即通風降濕，菌筒開口處綠霉污染初期，可采用2%甲醛溶液或3%---5%的石碳酸注射，或用石灰乳膏或甲醛液涂抹防治，可控制綠霉菌的生長。青霉、毛霉、鏈孢霉防治方法同上。部分感染成熟的菌筒可挖除污染部位，在處理部位上撒施石灰粉或石硫合劑或波爾多液等，也可用，施保功，甲基托布津等殺菌劑防治。注意黑木耳不宜使用多菌靈殺菌消毒。

　　噴藥殺螨法，用0.6%海正滅蟲靈或1.8%阿維菌素3000倍液或克螨特500倍液噴霧殺螨。用洗衣粉400倍液連續噴霧2—3次，也有很好的殺螨效果。

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　　從理論上講，采用生物防治是最理想的，由于它不污染環境，沒有殘毒、食用菌的生產場所范圍小，人工容易控制，更有利于生物防治技術的應用。但由于食用菌生產周期短、困難較大。目前，有用農用抗菌素防治細菌性病毒，應用增菌提高食用菌的抗病性、產量和品質。用生物引誘法控制菌螨危害。因此，在未來的食用菌病蟲害防治中有廣泛的應用前景。

　　1、煙葉誘殺法，將新鮮煙葉平鋪在菌螨為害的培養料面上，待煙葉上菌螨聚集較多時，輕輕將煙葉取下，用火燒掉。

　　2、豬骨誘殺法，將新鮮豬骨頭間隔10－20厘米排放在菌螨為害的床面上，待誘集到一部分菌螨時，將豬骨輕輕拿離，用沸水燙死。如此反復直到殺完為止。

　　3、糖醋紗布誘殺法，取沸水1000毫升、醋1000毫升、蔗糖100克，混勻，攪拌溶解后，滴入2滴敵敵畏拌勻即為糖醋液。把紗布放入配制好的糖醋液中浸泡濕透，再把浸泡濕透的糖醋紗布鋪放在菌螨為害的培養料上或菇床上，誘集菌螨到紗布上后，取下紗布用沸水將菌螨燙死。

　　4、油香餅粉誘殺法，取適量菜籽餅研成餅粉，入熱鍋內，用微火炒至餅粉散發出濃郁的油香味時出鍋。在菌螨為害的培養料面上或床面上蓋上濕布，濕布上面再鋪放紗布，將油香餅粉撒放于紗布上，待菌螨聚集紗布后，取下紗布用沸水燙死。連續誘殺幾次，即可達到徹底根治的目的。