食用菌工廠化栽培是最具現代農業特征的產業化工業生產方式，其采用工業化的技術手段，在相對可控的環境（溫、光、氣、濕）設施條件下，組織高效率的機械化、自動化作業，實現食用菌的規模化、集約化、智能化、標準化、周年化生產。
　　我國食用菌工廠化生產起步較晚，至今在國內還沒有形成較為明確、較為統一的食用菌工廠化定義，但相對較完整的定義為：在不同氣候條件下，在單位土地面積內，采用現代工業設施和人工模擬的食用菌生態環境技術，創造出適合不同菌類不同發育階段的環境，進行立體、規模、全天候周年栽培，逐步實現生產操作的機械化、生產環境調控智能化，以達到不受季節限制的周年化、產品質量標準化的一種生產模式。其目的就是提高全年食用菌復種次數（一般自然栽培全年1～2次，工廠化栽培全年都可進行），提高設備設施的使用效率，提高資金周轉使用率，從而使傳統的食用菌生產方式升級為一種新型的、高效優質的、集現代農業工業化管理為一體的先進生產方式，進而實現食用菌產業現代化。
　　在國外食用菌工廠化生產起步較早，1947年荷蘭在控溫、控濕和控制通風條件下，栽培雙孢菇獲得成功，由此開創了世界草腐菌工廠化栽培的先河，之后美國、德國、意大利、法國、波蘭等國也相繼實現了雙孢菇的工廠化生產，并得到迅猛發展。1965年日本長野縣創建了第一個金針菇的工廠化瓶栽生產基地并獲得成功，由此開創了世界木腐菌工廠化栽培的先河。韓國在日本的基礎上開始了食用菌工廠化生產的嘗試，近年來已迅猛發展成一個新型產業。歐美、日本、韓國等國家發展至今，食用菌工廠化產業已被公眾譽為“蘑菇工業”，在專業化生產方面發展十分完備，分工十分明確，規模效益也十分驚人，如日本長野最大的金針菇工廠化生產廠每天產量可高達30 t，生產實現了全程自動化。
　　在我國20世紀80年代臺灣省首先引進日本栽培模式，開始了金針菇的工廠化生產，促進了我國木腐菌工廠化的栽培，同時期山東九發食用菌股份有限公司從美國引進了雙孢蘑菇工業化自動生產線，促進了我國草腐菌工廠化的栽培。20世紀90年代，一些臺商在內地開始興建了金針菇工廠化生產基地，國內部分企業在借鑒國外先進經驗的基礎上，開始建立具有中國特色的食用菌工廠化生產基地，如上海浦東天廚菇業有限公司工廠化栽培白色金針菇。隨后規模大小不等的食用菌工廠化生產基地開始不斷涌現，據不完全統計，目前全國食用菌工廠化生產廠家已有200多家，鮮菇總產量40萬t以上，栽培品種主要有白色金針菇、杏鮑菇、白靈菇、真姬菇、雙孢菇、雞腿菇、草菇，其中白靈菇工廠化栽培為我國首創。預計2010年我國食用菌工廠化廠家將達500多家，鮮菇總產量可達100萬t以上。（常明昌主編《食用菌栽培》第二版  2009年中國農業出版社出版）