食用菌細菌病害
 　　細菌屬原核生物界，為單細胞生物。菌體形狀有桿狀、球狀和螺旋狀，繁殖方式主要是二分裂法，生長速度較快，危害較大。對食用菌危害較為常見的有芽孢桿菌屬（Bacillus）、假單胞桿菌屬（Pseudomonas）、黃單胞桿菌屬（Xanthomonas）和歐文氏桿菌屬（Erwinia）中的種類。
　　危害癥狀
　　在食用菌菌種分離、培養中常受細菌污染。若接種點被污染，則會影響菌絲的生長擴展；菇床培養料被侵染，表面出現黏濕、色較深，并散發出酸臭味，嚴重時培養料變質腐爛，阻礙食用菌菌絲的發育。
　　形態特征
　　芽孢桿菌在其細胞中能形成芽孢，菌落表面較干燥，呈皺折狀，色黃白至灰色；假單細胞桿菌和黃單胞桿菌均為端生鞭毛，歐文氏桿菌為周生鞭毛。
　　發生規律
　　芽孢桿菌在自然界中廣泛存在，由于芽孢對高溫有很強抗性，在121℃蒸汽滅菌或間隙滅菌條件下才能被殺滅，因此培養材料滅菌不徹底，或操作不規范，都有可能造成細菌污染。培養基和培養料pH呈中性、含水量高有利于細菌生長。
　　防治方法
　　制種所需的培養基，器皿必須按要求嚴格進行滅菌；嚴格按無菌操作要求進行接種，防止菌種帶菌。
 
　　病毒病害
 　　危害癥狀
　　蘑菇感染病毒后癥狀隨侵染時間、病毒種類、蘑菇品種和環境條件不同而有變化。總的來說，菌絲體生長緩慢，子實體在覆土內層形成針狀菇；已長出子實體則表現矮化，早熟易開傘，無菇蓋和菇柄區分，或菇蓋發育不良、平而小，菇柄有時長得粗而短呈鼓棒狀或圓桶狀，上有褐色條斑深入組織，有時則細而長。淡褐色病菇往往出現在頭潮菇中，而在后幾潮菇中很少發生。
　　發生規律
　　初侵染來自感病活菌絲和帶有病毒的蘑菇孢子。被病毒感染的孢子略小于健康孢子，但萌發快（因孢壁較薄易萌發），并已證明感染病毒的孢子經貯藏9年后仍能傳播病毒。病毒侵染菇床主要通過風傳播感病毒孢子，昆蟲活動、采收人員等接觸傳播，以及有病包裝材料、未經消毒的工具引起病害蔓延和擴散。在菇架、菇盤的木料中殘留有病菌絲，可引起下季蘑菇病害發生。覆土前“感病”孢子落在菇床上才能得以侵染，倘若僅濺落在土層表面，一般不發生感病。“感病”孢子萌發后，就與正常的蘑菇菌絲扭結在一起。隨著菌絲生長，培養料便被病毒全面污染，從播種到頭潮菇出現，菌絲生長最活躍，菌絲融合也較頻繁，使健康菌絲感染病毒。在孢子芽管超薄切片中，可以看到許多病毒粒子，這些芽管能與健康菌絲融合而轉移病毒。品種反應：雙孢蘑菇的許多品種（系）對此病是感病的，而大肥菇的品系則相對抗病。
　　防治方法
　　選育抗病品種（系）是理想的防治方法，嚴格的衛生措施是控制病毒危害的基本條件，必要時可以改種有抗病能力的大肥菇；用報紙或塑料薄膜覆蓋于菇床培養料上，防止感病孢子侵染；發菌期間，每星期用0.5%甲醛噴紙或塑料薄膜（用量100平方米紙需30升水加150毫升甲醛），覆土前一天，先噴甲醛，然后再掀膜；防治菇蠅和螨類，可減少病毒感染；及時采菇，菇床上如出現病毒病的征兆，要摘除患病的子實體，并噴曬2%甲醛液消毒，再用紙或塑料薄膜覆蓋；化學防治：木制品噴4%五氯酚鈉加0.5%-1%蘇打混合液，菇房地面用2%漂白粉液消毒，工具或床架用5%甲醛液消毒，手和小工具可在軟肥皂水溶液加磷酸三鈉中消毒。