銹斑病
　　金針菇銹斑病是一種常見的病害，在金針菇栽培中危害嚴重，發生較普遍，它是由假單胞菌引起的病害。
 
　　癥狀： 銹斑病主要發生在金針菇的菌蓋及子實體上。受害初期病部表現為針頭狀的銹色斑點，后逐漸擴大，邊緣不整齊。病斑可相互連接成不規則的大銹斑。發生嚴重時，一個子實體的菌蓋上可有數十個銹斑點。
　　病原： 銹斑病是由假單孢菌引起的病害。熒光假單孢細菌Pseudomonas sp.。與平菇褐色斑點病的細菌相似或相同。
　　發病特點： 銹斑病病原菌可通過培養料和氣流傳播，在高溫高濕、通風不良等條件下銹斑病最易發生。培養料水分過高或菇床濕度大，銹斑病發生較嚴重。生料栽培的子實體比熟料栽培或袋栽的發生嚴重。
　　防治方法：
　　1、搞好菇房的環境衛生，在配制培養料時，控制水量，避免水分過多發生病害。
　　2、科學用水，在菇房灑水時不要直接灑向子實體，以防止料面出現積水。灑水后應及時通風，室內的空氣相對濕度不要長時間超過95％。
　　3、在菌袋表面覆蓋地膜時要待子實體水分晾干后再覆蓋。
　　4、化學防治：發病初期，可用50％的多菌靈800倍液或每毫升含100～200單位的農用鏈霉素噴灑子實體，防止病菌的蔓延。
　　常用藥劑有多菌靈、農用鏈霉素擦去霧水等。

黑斑病
　　金針菇黑斑病是一種由假單孢菌引起的細菌性病害。發病后，金針菇菌蓋出現橢圓形褐色或深褐色斑點，初為針尖狀，擴大后直徑達2～4毫米，邊緣整齊，有時菌蓋開裂。多數不影響產量，但因菌蓋變黑而使價格下降。
　　癥狀：發病初期，菌蓋或菌柄上出現淡褐色小斑，擴展后，菌蓋上的病斑呈圓形或半圓形(從菌蓋邊緣開始發病的病斑)，直徑3mm左右，黑色，凹陷明顯，邊緣清晰而整齊，菌柄上的黑斑則呈長橢圓形，其他特征與菌蓋上的一致。不論是菌蓋上還是菌柄上的病斑，在潮濕條件下，病斑表面均可長出稀疏的白色霉狀物，即病原的菌的菌絲、分生孢子梗及分生孢子。病菌侵入菌肉。并可從菌蓋表面向下擴展到菌蓋下面的菌褶上，引起病處的菌肉及菌褶呈黑褐色腐爛；菌柄上的病斑可引起菌柄扭曲及彎折，這是該病的癥狀特征，與托拉斯細菌侵染引起的褐斑病或銹斑病的癥狀區別是：細菌性褐斑病的病斑圓形，顏色較淺，邊緣不甚明顯，病斑不凹陷，病菌不侵入較下層的菌肉，病斑表面無白色霉狀物，不引起菌蓋變形和菌柄扭曲。
　　病原：由半知菌亞門的輪枝霉菌(Verticllium sp.)侵染引起，從病斑上分離所得菌珠在馬鈴薯蔗糖瓊脂培養基上生長時，菌落灰白色，氣生菌絲絮狀，菌落下面的培養基不著色，在顯微鏡下觀察可看到從菌絲上長出的分生孢子梗有規律的呈輪枝狀輻射排列，每一節上長出的分生孢子小梗3~4枝，小梗與小梗之間呈等角度距離，小梗的大小及形狀一致，梗短，瓶梗形狀，由基部向頂漸尖細，梗頂端形成球狀的分生孢子球，每一孢子球內有多個分生孢子。分生孢子近圓形，微小，無色，單細胞。
　　發病條件：該病發生于子實體生長期，尤以菌蓋開展期發生多，發病溫度在10~15℃，濕度偏高有利于病原的發生。用從病斑上分離所得菌株在馬鈴薯培養基上產生的分生孢子配成的孢子懸浮液進行噴霧接種或滴液接種在健康無病的子實體上，濕度控制在95%左右條件下，接種后3d即開始出現癥狀，5d后癥狀典型，與自然發病的癥狀完全一致。但將病菌到佛羅里達平菇或糙皮側耳的子實體上時，不論是刺傷接種還是噴霧接種，均不發生侵染，證明金針菇黑斑不能侵染平菇。
　　防治方法
　　1、搞好菇房內外的環境衛生。
　　2、對菇房灑水時，不可將水直接灑在金針菇子實體上，特別不可用冷水噴灑。菇房內的濕度不可長時間高于90%，要看天氣變化灑水，晴天灑水要輕、勤、細，陰雨天要少灑或不灑水。每次灑水后先加強通風，然后覆蓋地膜。出菇期間室內氣溫應調至17℃以下。
　　3、 一旦發病后及時清除病子實體，帶出菇房放在開水中煮死病菌或深埋地下，對其他未發病的子實體及時采收。采收完后噴灑45%特克多(噻菌靈)1000倍液或50%敵菌靈600倍液或50%多菌靈600倍液或噴灑每毫升100～200單位的農用鏈霉素或漂白粉600倍液。