每一種食用自在不同地區常有不同的名稱，有的是同菌異名，如同為一種側耳，在不同地區．就有凍菌、平菇、北風菌、蛇菌、平蘑或平茸等不同名稱，很不統一。有的是同名異菌，如同稱為"冬菇"的，有的地區是指香菇，有的地區卻是指毛柄金錢菌。所以當地通用的俗名；雖然描述性強，通俗易懂，但局限性大，容易混亂，也不便于科技交流。為了統一名稱，國際上一致采用瑞典學者林奈所創造的"雙名法"，作為動植物、微生物包括食用菌的命名方法。用雙名法定出某一種食用菌的名稱，就是某一種食用菌的學名。每一種食用菌的學名，由兩個拉丁詞組成，第一個是屬名，用拉丁文的名詞；第二個是種名，用拉丁文的形容詞。屬名的第一個字母藥用大寫，種名則一律用小寫。完整的學名，末尾還附有命名人姓名的縮寫，命名人的姓，一律用正體字。印刷時學名用斜體字，書寫學名時在下面加一橫線。如雙孢蘑菇的學名Agaricus bisporus(Lange)Sing。其中Agaricus是蘑菇屬屬名，bisporus是種名，表示該蘑菇的擔子梗上長兩個孢子，所以種名叫雙孢蘑菇。括號內的認識最初給這個菌命名的人，而括號后的是修改前人名的人。如果命名的人是兩個，則兩人的名用聯接詞et相連一起列出。幾種人工栽培食用菌的學名如表4。

表4 幾種人工栽培食用菌的名稱

中名 學名 別名

雙孢蘑菇 Agaricus bisporus (Lange)Sing 蘑菇、洋蘑菇

香菇 Lenfinus edodes (Berk.)Sing 香蕈、香菌

銀耳 Tremella fuciformis Berk. 白木耳

黑木耳 Auricularia auricula (Hook.)Underw. 木耳、黑菜

草菇 Volvariella volvacea (Bull. ex Fr.)Sing. 蘭花菇、稈菇

猴頭菇 Hericium erinaceus (Bull. )Pers. 猬菇

平菇 Pleurotus ostreatus (Jacq. ex Fr.)Kummer 凍菌、北風菌、側耳、糙批側耳

鳳尾菇 Pleurotus sajor-caju(Fr.)Sing 環柄側耳、環柄斗菇

毛柄金錢菇 Collybia velutipes (Fr.)Quel. 構菌、冬菇、金針菇

食用菌在分類學上的地位，也是按生物分類系統上通用的單位，即門、綱、目、科、屬、種。有時還有亞綱、亞目亞科的單位。茲以香菇和銀耳為例說明如下：

門：真菌門 門：真菌門

綱：擔子苗綱 綱：擔子菌綱

亞綱：同隔擔子菌亞綱 亞綱：異隔擔子菌亞綱

目：傘菌目 目：銀耳目

科：白蘑科 科：銀耳科

屬：香菇屬 屬：銀耳屬

種：香菇 種：銀耳